单细胞RNA测序分析指南数据集

数据集概述

本数据集为单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析提供指导数据,包含骨髓样本的基因表达矩阵、用于细胞类型注释的参考数据集,支持Seurat、Azimuth和SingleR等分析工具的应用。

文件详解

该数据集包含三个核心压缩文件,具体说明如下: - data.zip: - 文件格式: ZIP压缩包 - 内容: 解压后得到16个h5格式的基因表达矩阵文件,分属于正常骨髓(NBM)和慢性粒细胞白血病(CML)样本。其中NBM样本8个(4名供体,各含CD34阳性和阴性细胞),CML样本8个(4名患者,各含CD34阳性和阴性细胞),可用于构建Seurat对象。 - bmref_azimuth.zip: - 文件格式: ZIP压缩包 - 内容: 解压后得到骨髓数据标签转移所需文件,包括idx.annoy、ref.Rds和leukaemiaGeneSet.txt,支持Azimuth工具分析。 - bmref_celldex.zip: - 文件格式: ZIP压缩包 - 内容: 解压后得到骨髓数据细胞注释所需文件,包含NovershternHem.rds,支持SingleR工具分析。

适用场景

  • 单细胞转录组数据分析: 用于学习和实践scRNA-seq数据的标准化处理流程
  • 细胞类型注释研究: 比较Azimuth和SingleR两种工具在骨髓细胞注释中的应用效果
  • 白血病研究: 分析正常骨髓与慢性粒细胞白血病样本的基因表达差异
  • 生物信息学教学: 作为scRNA-seq分析工具(Seurat、Azimuth、SingleR)的实践数据集
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数据与资源

附加信息

字段
作者 Maxj
版本 1
数据集大小 676.76 MiB
最后更新 2025年12月13日
创建于 2025年12月13日
声明 当前数据集部分源数据来源于公开互联网,如果有侵权,请24小时联系删除(400-600-6816)。