数据集概述
本数据集围绕曼陀罗（Datura stramonium）对不同草食动物抗性的局部适应机制展开，整合基因组与化学证据。通过F2代杂交后代的 reciprocal transplant 实验，结合Identity by Descent（IBD）分析，探究草食动物介导的空间异质选择对植物防御性状遗传基础的影响，揭示特定生物碱及其基因位点在局部适应中的作用。
文件详解
- README.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：数据集说明文档，概述各文件的原始数据内容及分析用途，包括生物碱与适合度、草食动物损伤与抗性、IBD与适合度等分析模块的对应文件说明。
- HerbivoreAbundance_Teotihuacán_Experiment.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：特奥蒂瓦坎实验地的草食动物 abundance 数据，记录不同草食动物类群的数量分布。
- HerbivoreAbundance_Ticumán_Experiment.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：蒂库曼实验地的草食动物 abundance 数据，记录该区域草食动物的种群数量特征。
- ResistanceToHerbivores_vs_IdentitybyDescent_Teotihuacán&Ticumán_Experiments.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：整合两个实验地的草食动物抗性数据与IBD遗传关系数据，用于分析抗性性状的遗传基础。
- Survival_vs_IdentitybyDescent_Teotihuacán_Experiment.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：特奥蒂瓦坎实验地F2代植株的存活数据与IBD遗传关系数据，探究遗传背景对存活适合度的影响。
- Alkaloids_vs_Fitness_Teotihuacán&Ticumán_Experiments.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：两个实验地的生物碱浓度数据与植株适合度数据，分析生物碱含量与适合度的关联。
- DamagebyHerbivores_ResistanceToHerbivores_AlkaloidConcentration__Fitness_Teotihuacán&Ticumán_Experiments.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：整合草食动物损伤、抗性水平、生物碱浓度及植株适合度的全量原始数据，覆盖两个实验地的核心观测指标。
- Fitness_vs_IdentitybyDescent_Teotihuacán&Ticumán_Experiments.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：两个实验地的植株适合度数据与IBD遗传关系数据，用于解析遗传背景对适合度的影响机制。
- Genome-Wide_Pairwise_IdentitybyDescent.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：全基因组水平的两两植株IBD估计数据，包含individual1（个体1）、individual2（个体2）、IBD estimate（IBD估计值），以及P(IBD=0)、P(IBD=0.5)、P(IBD=1)（不同IBD状态的概率）等字段。
数据来源
论文“Genomic and chemical evidence for local adaptation in resistance to different herbivores in Datura stramonium”
适用场景
- 植物局部适应机制研究：分析草食动物选择压力下曼陀罗抗性性状的遗传分化与局部适应模式。
- 植物-草食动物互作分析：探究草食动物丰度、损伤程度与植物抗性、适合度之间的关联。
- 生物碱功能研究：解析特定生物碱及其基因位点在植物防御与适合度权衡中的作用。
- 基因组IBD分析应用：利用全基因组IBD数据研究植物种群的遗传结构与亲缘关系对表型的影响。
- 生态遗传学实验设计参考：为植物 reciprocal transplant 实验与遗传-表型关联分析提供方法学借鉴。
