数据集概述
本数据集包含阿拉斯加奇里科夫岛牛群的全基因组SNP基因型数据,用于解析该岛屿野生牛群的起源与遗传特性。通过与现有牛品种对比,揭示其混合遗传背景及环境选择对遗传结构的影响,为该牛群的保护决策提供客观依据。
文件详解
- 文件名称:README_for_DeckerDryad.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:数据集说明文档,包含数据来源、研究背景、数据文件说明(如PLINK二进制格式基因型数据的编码规则、SNP过滤标准等)及引用信息。
- 文件名称:DeckerDryad.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:压缩包内含基因型数据文件(如CIC.wwcattle.29June2015.bed),采用PLINK二进制格式,Illumina A等位基因编码为1、B等位基因编码为2;已过滤未分配contig及X染色体SNP(除1个假常染色体SNP),并移除重复亲子关系SNP。
数据来源
论文“Origins of cattle on Chirikof Island, Alaska, elucidated from genome-wide SNP genotypes”(Decker et al.)
适用场景
- 牛群遗传起源研究:分析奇里科夫岛牛群与雅库特牛、欧洲牛种的遗传关联,追溯引入历史。
- 遗传多样性保护评估:基于独特遗传结构,为该野生牛群的保护决策提供科学依据。
- 环境适应性进化分析:探究岛屿 harsh 环境对牛群遗传架构的选择压力及适应性变异。
- 基因组数据标准化应用:作为PLINK格式基因型数据的实例,支持牛基因组分析方法开发与验证。