数据集概述
本数据集为R项目，包含支持论文《Defensive symbiont genotype distributions are linked to parasitoid attack networks》的原始数据与分析脚本。核心内容涉及蚜虫、寄生蜂、防御共生菌（Hamiltonella）的基因型分布及互作网络，通过序列数据、矩阵文件和分析脚本，实现相关统计分析与图表生成。
文件详解
- 分析脚本文件（R格式）
- Script_0_package_install_load.R：安装并加载后续脚本所需的R包
- Script_1_Extract_from_Table_S2.R：从Table_S2.csv和Data_4_Aphid_sequences.fas提取信息，生成10个分析用文件（蚜虫系统发育相关性矩阵、Hamiltonella-蚜虫矩阵、寄生蜂-蚜虫矩阵、植物-蚜虫矩阵）
- Script_2_BarPlot_Fig1.R：使用指定CSV文件生成Fig.1，含手动调整顺序或颜色的说明
- Script_3_MMRR_analysis.R：利用10个距离/分布矩阵进行多矩阵回归随机化（MMRR）分析
- Script_4_Species_linkage_Fig2_FigS4.R：使用7个分布矩阵生成物种关联图（Fig.2、Fig.S4）
- Script_5_MMRR_Fig3_FigS5.R：基于10个矩阵绘制MMRR相关性图（Fig.3、Fig.S5）
- Script_6_parasitoid_specialization_Fig4.R：计算H2指数分析寄生蜂、蚜虫、Hamiltonella的特化水平，生成Fig.4
- Script_7_Ecologicial_indices&plots_Table1_FigS3.R：计算生态指数（丰富度、香农指数、辛普森指数），输出Table1和Fig.S3数据
- Script_8_Bubble_plot_FigS2.R：使用Hamiltonella-蚜虫矩阵及系统发育树生成共进化树（Fig.S2）
- Script_9_DADA2_pipeline.R：处理原始COI测序数据生成ASV文件，含SRA工具包使用说明
- 原始数据文件
- Table_S2.csv：样本编号、采集地点、年份、物种信息等基础数据
- Data_1_Deep_sequencing_data_block_1.xlsx/Data_2_Deep_sequencing_data_block_2.xlsx：Illumina测序样本的ASV数据及物种注释（关联BioProject PRJNA1139364）
- Data_3_Parasitoid sequences.fas/Data_4_Aphid sequences.fas/Data_5_Hamiltonella sequences.fas：寄生蜂、蚜虫、Hamiltonella的FASTA序列文件
- Data_6_Parasitoid_Aphid_pooled_table.xlsx：寄生蜂与蚜虫物种的OTU手动合并结果
- Data_7_Parasitoid_species_phylogeny.txt/Data_8_Aphid_species_phylogeny.txt/Data_9_Hamiltonella_phylogeny.txt：寄生蜂、蚜虫、Hamiltonella的系统发育树文件
- Data_10_aphid_host_info.csv：蚜虫宿主信息数据
- Data_11_Parasitoid_genus_aphid_22_species_Fig.1.csv/Data_12_Plant_genus_aphid_31_species_Fig.1.csv：Fig.1使用的简化矩阵
- 10个分析用矩阵文件（CSV格式）：含3个蚜虫系统发育相关性矩阵、3个Hamiltonella-蚜虫矩阵、2个寄生蜂-蚜虫矩阵、2个植物-蚜虫矩阵
- SraRunTable.csv：GenBank下载的BioProject（PRJNA1139364）信息
数据来源
论文《Defensive symbiont genotype distributions are linked to parasitoid attack networks》关联的R项目
适用场景
- 共生微生物基因型分布研究：分析Hamiltonella等防御共生菌在蚜虫种群中的基因型分布特征
- 昆虫-寄生蜂互作网络分析：探究寄生蜂对蚜虫的攻击网络结构及影响因素
- 生态特化水平评估：利用H2指数分析物种间互作的特化程度
- 多矩阵回归随机化分析：验证共生体基因型分布与寄生蜂攻击网络的关联
- 系统发育相关性研究：基于序列数据与系统发育树分析物种间进化关系
- 生态指数计算与应用：通过丰富度、多样性指数评估昆虫-微生物互作系统的生态特征
- 科学图表可重复生成：使用脚本复现论文中的核心图表（Fig.1-4及补充图表）
