数据集概述
该数据集对应研究论文《底栖与潜流溪流生物膜对光可用性和宏量营养素化学计量的功能响应对比》,包含实验原始数据、R分析代码及结果文件,围绕24个水槽实验的底栖/潜流生物膜在不同光照、碳氮磷比例处理下的功能指标(如细菌密度、叶绿素a、Biolog生态板底物利用等)展开,为溪流生态系统生物膜功能研究提供支撑。
文件详解
数据集包含原始数据、R代码、结果文件三类,具体说明如下:
- 原始数据文件(CSV格式):
- Data.csv:含水槽ID、采样深度(B=底栖/H=潜流)、采样天数(7/14天)、参数值及单位;参数包括细菌密度(BD)、细菌生产力(BP)、胞外聚合物(EPS)、叶绿素a(Chl a)、功能多样性指数(Functional H')等
- Biolog.csv:Biolog生态板吸光度数据,含采样深度、天数、光照(L-=低/L+=高)、碳氮磷比例(CP-=环境/CP+=改变)、水槽ID、孵育时间及31种底物吸光度
- Treatment.csv:水槽处理信息,含水槽ID、光照、碳氮磷比例及组合处理
- LoggerMOBICOS.csv:实验站点环境监测数据,含叶绿素a、电导率、硝酸盐、溶解氧、光合有效辐射(PAR)、浊度、水温、pH
- LightInput.csv:2020-2021年9月15分钟间隔PAR数据
- R代码文件:
- DataAnalysis.Rmd:核心分析代码,读取原始数据并调用Ecoplatesfunctions.R函数,输出图表及结果文件;依赖dplyr、ggplot2等14个R包
- Ecoplatesfunctions.R:Biolog生态板数据分析函数脚本
- comparison_light_intensities.qmd:光照强度对比分析代码,基于LightInput.csv计算实验站点9月光照5th/95th百分位
- 结果文件:
- PERMANOVA_date.csv:采样天数对各参数影响的PERMANOVA结果
- PERMANOVA_Treatment.csv:光照、碳氮磷比例及交互作用对各参数影响的PERMANOVA结果
- EnvironmentalData.csv:实验站点环境参数均值及标准差
- DataAnalysis.html:DataAnalysis.Rmd编译生成的分析报告
- comparison_light_intensities.html:光照对比分析报告
数据来源
研究论文《Contrasting functional responses of benthic and hyporheic stream biofilms to light availability and macronutrient stoichiometry》(DOI:10.1002/lno.70069)
适用场景
- 溪流生态学研究:分析底栖与潜流生物膜功能对光照和营养盐的响应差异
- 微生物生态学分析:探究生物膜细菌群落功能多样性(Biolog数据)及生产力驱动因素
- 生态计量学应用:验证营养盐化学计量比(碳氮磷)对水生生物膜的调控作用
- 环境监测研究:利用站点环境数据关联生物膜功能与环境因子
- 数据分析方法参考:学习基于R的PERMANOVA分析、Biolog生态板数据处理流程