数据集概述
本数据集为期刊论文的补充数据，包含Mayotte岛河流底栖硅藻的DNA宏条形码监测数据，涉及80个样本的测序原始数据、样本信息及生物信息学处理后的OTU列表，用于评估热带河流生态状态，支持DNA宏条形码与显微镜检测方法的对比研究。
文件详解
- 80 PGM sequencing libraries (raw data, fastq files).rar
- 文件格式：RAR
- 字段映射介绍：包含测序平台提供的80个Fastq格式原始数据文件，为未经过生物信息学处理的解复用DNA reads
- 80 fastq files information.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含80个样本的关联信息，包括Mothur分析使用的ID、样本名、采样点编码、河流名称、所属监测网络、采样年份及GPS坐标
- OTU (95 percent of similarity) list of 80 Mayotte samples.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含生物信息学处理后的最终OTU列表（95%相似性聚类），样本DNA reads已标准化为5710条；每个OTU包含代表性序列及Mothur分类得到的分类学信息
数据来源
论文“Assessing ecological status with DNA metabarcoding or microscopy? Comparison using benthic diatoms in tropical rivers”（提交至Ecological Indicators期刊）
适用场景
- 河流生态状态评估: 利用硅藻DNA宏条形码数据评估热带河流的生态状况，支持WFD监测网络的规模化应用
- 生物监测方法对比: 对比DNA宏条形码与传统显微镜检测在底栖硅藻分析中的差异
- 底栖硅藻群落研究: 基于OTU列表分析Mayotte岛河流硅藻的物种组成及分布特征
- 环境DNA数据标准化: 参考样本信息及生物信息学处理流程，优化淡水生态监测的DNA数据处理方法
