数据集概述
本数据集围绕葡萄属(Vitis)系统发育基因组学研究,提供基于Vitis9kSNP阵列的杂交强度与基因型数据。研究旨在解决SNP阵列分析中的 ascertainment bias 问题,通过对比杂交强度数据与传统基因型数据的系统发育重建效果,优化进化关系解析方法,支持葡萄属物种进化研究。
文件详解
- 文件名称:dryad.zip
- 文件格式:ZIP(压缩包)
- 字段映射介绍:压缩包包含与Vitis9kSNP阵列相关的杂交强度数据和基因型数据,具体字段需解压后查看;数据用于系统发育分析,核心内容为SNP位点的杂交信号强度值及对应基因型调用结果。
数据来源
Dryad数据仓储(对应论文:Vitis phylogenomics: hybridization intensities from a SNP array outperform genotype calls)
适用场景
- 进化生物学研究:解析Vitis属物种间的进化关系,验证北美葡萄亚属的单系性及物种间亲缘关系
- 基因组学方法优化:对比杂交强度数据与基因型数据在系统发育重建中的效果,研究 ascertainment bias 解决方案
- 植物分子系统学应用:为其他植物类群的SNP阵列系统发育研究提供方法参考
- 葡萄遗传资源分析:支持葡萄属物种的遗传多样性评估与分类学修订