数据集概述
本数据集基于Aspidistra saxicola花转录组测序数据,鉴定出5527个微卫星标记(SSRs),分析其重复类型比例及特征,并测试48个SSR位点在近缘物种中的多态性与跨物种转移性。数据包含转录组注释文件、序列文件及基因型数据,支持非模式濒危植物的分子标记开发与遗传多样性研究。
文件详解
- README_for_Dryad.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:说明数据集包含的文件清单,包括注释表格、Contig/Unigene序列文件及基因型Excel表等核心内容。
- Dryad.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:压缩包内包含Aspidistra saxicola转录组注释文件(As011-annotation.xls)、Contig序列文件(As011-Contig.fa)、Unigene序列文件(As011-Unigene.fa),以及Aspidistra elatior测试个体的微卫星基因型数据(.xlsx)。
数据来源
Dryad数据平台(对应研究论文:Characterization and high cross-species transferability of microsatellite markers from the floral transcriptome of Aspidistra saxicola)
适用场景
- 植物分子标记开发: 利用转录组SSR标记数据,开发石菖蒲属植物的分子遗传标记。
- 跨物种标记适用性研究: 分析微卫星标记在Aspidistra属近缘物种中的转移性,支持物种亲缘关系分析。
- 遗传多样性评估: 通过测试位点多态性,评估Aspidistra elatior等物种的种群遗传多样性。
- 濒危植物保护遗传学研究: 为非模式濒危植物的遗传结构分析与保护策略制定提供分子数据支持。