数据集概述
本数据集包含马铃薯靶向基因分型（GBS）的DArTag技术数据及R/polyBreedR分析结果，涵盖2.5K和4K靶向标记的VCF文件、系谱数据、性状数据、错误分析等14个文件，支持马铃薯育种中的基因组选择、连锁图谱构建及性状关联分析。
文件详解
- 基因分型数据文件
- 文件名称：FileS1-DArTagV1.vcf.gz、FileS3-DArTagV2.vcf.gz、FileS5-SNParrayV4.vcf.gz
- 文件格式：VCF.GZ
- 字段映射介绍：包含马铃薯DArTag V1（2503个标记）、DArTag V2（扩展至4K标记）及SNP芯片V4的基因分型数据，记录样本ID、染色体位置、等位基因信息等标准VCF字段。
- 元数据与系谱文件
- 文件名称：FileS2-V1metadata.csv、FileS6-W19diallel_pedigree.csv、FileS7-W19diallel_phased_parents.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：FileS2记录DArTag V1样本的ID、提交年份；FileS6记录半双列杂交群体的系谱信息（id、群体、母本、父本、倍性）；FileS7记录亲本的相位信息。
- 性状与分析结果文件
- 文件名称：FileS10-W21diallel_trait.csv、FileS12-V1_error.csv、FileS13-V2_error.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：FileS10记录双列杂交群体的性状数据（如标记位点的基因型）；FileS12、FileS13分别记录DArTag V1、V2的错误分析结果。
- 其他文件
- 文件名称：README.md、FileS11-OFP20alignment.docx、FileS4-DArTagV2_madc.csv
- 文件格式：MD、DOCX、CSV
- 字段映射介绍：README.md说明数据集内容；FileS11为比对文档；FileS4记录DArTag V2的标记数据。
数据来源
Dryad数据集（DOI: 10.5061/dryad.8pk0p2nw4）
适用场景
- 马铃薯基因组选择研究：利用DArTag标记数据进行育种候选株系的基因组选择模型构建与验证。
- 多倍体标记数据分析：通过polyBreedR软件处理马铃薯四倍体的标记数据，开展连锁图谱构建与QTL定位。
- 性状关联分析：结合系谱、基因分型与性状数据，分析马铃薯病毒Y抗性、块茎形状等性状的遗传基础。
- 基因分型技术比较：对比DArTag与SNP芯片平台的标记一致性及定量准确性，优化基因分型方案。
