数据集概述
本数据集来自Dryad仓库，围绕Colias eurytheme蝴蝶雄性UV虹彩这一求偶信号的遗传机制展开，包含种群遗传数据、连锁分析代码、基因注释文件等，用于揭示该信号分化的遗传基础及与物种形成的关系，共14个文件。
文件详解
- 文档类文件（.txt）
- 文件名称：README.txt、LinkageMap.txt、PopgenStats.txt、loess.txt、Colias_scaffold_lengths.txt、variant_calling_pipeline.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：README.txt说明数据集背景与内容；LinkageMap.txt包含连锁图谱标记及样本基因型数据；PopgenStats.txt记录种群遗传统计信息；loess.txt存贮loess分析相关数据；Colias_scaffold_lengths.txt为基因组 scaffold长度表；variant_calling_pipeline.txt描述变异检测流程
- 代码类文件（.r）
- 文件名称：Manhattan_SVB_function.R、genotypePlotting_AnnotatedCode.r、PopGenFiguresPlotting_AnnotatedCode.r、UV_linkage_analysis_code.r
- 文件格式：R
- 字段映射介绍：包含曼哈顿图绘制、基因型可视化、种群遗传图绘制、UV连锁分析等功能的代码文件
- 序列类文件（.fa）
- 文件名称：bab_nuc.fa、bab_pp.fa
- 文件格式：FA
- 字段映射介绍：bab基因的核酸序列及蛋白序列文件
- 注释类文件（.gff3）
- 文件名称：bab.gff3
- 文件格式：GFF3
- 字段映射介绍：bab基因的注释文件，含连锁标记与重组断点注释
- 表格类文件（.xlsx）
- 文件名称：CeurXCphi_2bRADseq_samples.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：2bRADseq测序样本信息表
数据来源
Dryad数字仓库，关联论文“A genetic switch for male UV-iridescence in an incipient species pair”
适用场景
- 物种形成遗传机制研究: 分析求偶信号分化的遗传基础及与生殖隔离的关系
- 性别染色体进化分析: 探究Z染色体在物种分化中的作用（大X效应）
- 基因调控机制研究: 解析bab基因顺式调控变异对UV虹彩的调控功能
- 种群遗传学分析: 利用种群遗传数据研究物种二次接触区的基因流与基因组混合模式
- 分子进化实验设计: 参考CRISPR基因敲除实验设计及变异检测流程开展相关研究
