数据集概述
本数据集包含蒺藜苜蓿（Medicago truncatula）四个基因型与两种根瘤菌（Ensifer meliloti、E. medicae）共生后的根瘤转录组数据，涉及宿主、共生菌及二者互作对基因表达的影响，涵盖差异表达分析结果、基因功能注释、表型数据等，共24个文件，用于揭示豆科-根瘤菌共生中基因组互作的分子机制。
文件详解
- 说明文档类（RTF格式）
- 文件名称：包含README_for_PairwiseResults系列、README_for_FullModel系列等10个RTF文件
- 字段映射介绍：详细描述对应分析结果的实验设计、统计方法、数据字段含义及解读说明
- 分析结果类（TXT格式）
- 文件名称：包含PairwiseResults系列、FullModelRootResults.txt、ExpressedGenesNodTableDryad.txt、RNAseqcounts_allconditions_head.txt等11个TXT文件
- 字段映射介绍：记录差异基因表达统计量、基因表达水平（median_reads_norm、mean_reads_norm等）、基因功能注释（annotation）、宿主-共生菌互作相关基因分类（HxScluster等）及转录组计数数据
- 代码脚本类（R格式）
- 文件名称：HxSPhenotypeAnalysisDryad.R、DeSeq2code_Dryad.R
- 字段映射介绍：用于表型数据分析及差异表达分析（DeSeq2）的R语言脚本
- 压缩文件类（ZIP格式）
- 文件名称：README_for_ExpressedGenesNodTableDryad.zip
- 字段映射介绍：包含表达基因根瘤表数据相关说明的压缩文件
数据来源
Dryad平台（关联Molecular Ecology论文）
适用场景
- 豆科-根瘤菌共生分子机制研究：分析宿主与共生菌基因型互作对根瘤基因表达的调控规律
- 植物微生物互作转录组分析：探究共生过程中基因表达差异及功能富集（如资源交换相关基因）
- 基因型互作表型关联研究：结合转录组数据与表型数据，解析共生表型变异的分子基础
- 生物互作多基因背景评估：验证多遗传背景下生物互作性状的分子变异重要性
