数据集概述
本数据集基于1,543头家养牛的43,043个常染色体单核苷酸多态性标记基因型,分析134个家养牛品种的种群结构,识别亚洲瘤牛、欧亚普通牛和非洲普通牛三大类群,揭示杂交模式、地理扩散及血统混合过程,为理解家养牛演化历史提供支撑。
文件详解
- README文件
- 文件名称:
README_for_WorldWideCattleDryad.txt
- 文件格式:TXT
- 内容说明:介绍数据集背景、关联论文信息、基因型数据处理方法(如SNP过滤标准)及文件内容说明。
- 压缩数据文件
- 文件名称:
WorldWideCattleDryad.zip
- 文件格式:ZIP
- 内容说明:包含PLINK PED格式的基因型数据文件(如
ww_cattle_dryad_20Sept2013.ped),记录43,043个SNP标记的基因型信息,A等位基因编码为1、B等位基因编码为2。
数据来源
论文“Worldwide Patterns of Ancestry, Divergence, and Admixture in Domesticated Cattle”
适用场景
- 家养牛种群结构研究:分析不同地区品种的遗传聚类及三大类群的分化特征。
- 牛品种演化历史追溯:通过系统发育网络识别与人类共迁移、品种出口相关的地理扩散模式。
- 血统混合模式分析:探究非洲瘤牛血统渗入非洲普通牛的梯度、欧亚普通牛与瘤牛在亚洲的杂交模式。
- 家养牛遗传资源评估:识别不同品种的野生祖先血统(如非洲普通牛的非洲原牛血统)及外来品种(如短角牛)的影响。
- 跨地区品种交流研究:分析伊比利亚/意大利牛的非洲普通牛血统渗入、美洲克里奥尔牛的伊比利亚起源等品种交流过程。