数据集概述
本数据集围绕多物种溯祖模型（MSC）下物种界定的模型假设违反影响展开，通过模拟和实证分析评估模型拟合度与推断稳健性，包含模拟代码、测试脚本、参数文件及补充表格，为系统发育研究中模型检验提供方法支持。
文件详解
- 文档文件（共3个）：
- TableS1.pdf：PDF格式，可能包含研究相关的补充表格1
- TableS2.pdf：PDF格式，可能包含研究相关的补充表格2
- IbdSettings_file.txt：TXT格式，模拟参数配置文件，含Data_File_Name、Run_Number等模拟参数定义
- 代码文件（共6个）：
- msSimulations_stacey.py：Python代码，Stacey框架下的多物种溯祖模拟脚本
- PPDTestStatistics.py：Python代码，后验预测分布（PPD）测试统计量计算脚本
- Comus_stacey.py：Python代码，Comus数据集Stacey框架下的分析脚本
- msSimulations_BPP.py：Python代码，BPP框架下的多物种溯祖模拟脚本
- posteriorprediction_BPP.py：Python代码，BPP框架下的后验预测分析脚本
- Comus_BPP.py：Python代码，Comus数据集BPP框架下的分析脚本
适用场景
- 系统发育学研究：评估多物种溯祖模型在物种界定中的稳健性
- 模型检验方法开发：为系统发育分析中的模型假设违反测试提供模拟工具
- 实证数据评估：辅助研究人员检验特定数据集在物种界定中的模型拟合度
- 生物信息学应用：为开发物种界定相关的Python分析脚本提供参考案例
