数据集概述
本数据集包含EmrE复合物的分子动力学模拟坐标及对应模拟参数文件。坐标数据取自模拟结束时的20纳秒间隔结果（肽复合物仅含最后一组），参数文件为CHARMM兼容格式，用于模拟特定肽和阳离子，为EmrE相关分子动力学研究提供基础数据支持。
文件详解
- 文件名称: coordinates.zip
- 文件格式: ZIP压缩包
- 内容说明: 包含EmrE复合物的分子动力学模拟坐标数据，不含水、离子及脂质原子；坐标取自模拟结束时20纳秒间隔结果，EmrE/肽复合物仅提供最后一组坐标。
- 文件名称: parameters.zip
- 文件格式: ZIP压缩包
- 内容说明: 包含CHARMM兼容的模拟参数文件，用于模拟肽、四苯基膦阳离子及乙锭阳离子；参数由CGENFF程序生成，电荷经FFTK优化，使用前需先加载CGENFF拓扑文件。
适用场景
- 分子动力学研究: 用于EmrE蛋白与配体相互作用的模拟分析
- 生物物理机制探索: 探究EmrE复合物的结构动态变化规律
- 计算生物学方法验证: 验证CHARMM力场及相关模拟参数在膜蛋白研究中的适用性
- 药物设计辅助: 为靶向EmrE的小分子或肽类药物设计提供结构参考
