数据集概述
本数据集包含浮萍（Lemna minor L.）克隆系的原始表型数据及DNA甲基化中间数据，对应论文“DNA methylation in clonal Duckweed lineages (Lemna minor L.) reflects current and historical environmental exposures”的研究内容。数据记录了浮萍在实验期间的表型指标及经epiGBS2流程处理的甲基化信息，可用于分析环境暴露与DNA甲基化的关联。
文件详解
- 原始表型数据文件
- 文件名称：Frond_Area_Phase1_Phase2.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：记录实验期间（第1、6、7、8周）浮萍叶状体面积的测量数据
- 文件名称：Frond_Number_Phase1_Phase2.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：记录实验期间（第1、6、7、8周）浮萍叶状体数量的测量数据
- DNA甲基化中间数据文件
- 文件名称：consensus_cluster.renamed.fa
- 文件格式：FA
- 字段映射介绍：epiGBS2流程生成的从头组装参考序列文件，包含浮萍的de novo epiGBS位点序列
- 文件名称：methylation.filtMETH
- 文件格式：filtMETH
- 字段映射介绍：过滤后的DNA甲基化数据，保留了覆盖度≥10X且在80%样本中存在的胞嘧啶位点信息
数据来源
论文“DNA methylation in clonal Duckweed lineages (Lemna minor L.) reflects current and historical environmental exposures”
适用场景
- 环境表观遗传学研究：分析浮萍克隆系DNA甲基化模式与环境暴露的关联性
- 植物表型与甲基化关联分析：探索浮萍叶状体面积、数量等表型指标与DNA甲基化的潜在联系
- 表观基因组学方法验证：评估epiGBS2流程在植物克隆系甲基化研究中的应用效果
- 环境胁迫响应机制研究：解析浮萍对当前及历史环境暴露的表观遗传响应机制
