数据集概述
本数据集围绕美国阿拉巴马州黑 warrior 河系统淡水鱼类（Etheostoma bellator 及濒危 E. chermocki）物种复合体展开，通过系统基因组分析界定5个地理隔离物种，探究碳酸盐岩侵蚀剥蚀对其异域物种形成的作用，为进化生物学中生物多样性生成机制研究提供数据支持。
文件详解
- 文档类文件
- 文件名称：README.md
- 文件格式：MD
- 字段映射介绍：提供数据集整体说明，含各物种缩写定义（如 LWR、Ecmk 等）及各分析文件用途说明
- 文件名称：Ebel_VCFTools.log
- 文件格式：LOG
- 字段映射介绍：记录 VCFTools 工具处理数据的日志信息
- 分析控制与映射文件
- 文件名称：Ebel_BPP.ctl
- 文件格式：CTL
- 字段映射介绍：BPP 基因组物种界定分析的控制输入文件，含物种缩写配置
- 文件名称：Ebel_BPP.Imap.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：BPP 分析的个体-物种映射文件，记录样本编号与对应物种（如 Ebel、VAL、LWR 等）的关联
- 系统发育树文件
- 文件名称：Ebel_POMO.contree.tre、Ebel_SNAPP.tree.tre、Ebel_IQTREE2.contree.tre
- 文件格式：TRE
- 字段映射介绍：分别为 POMO、SNAPP、IQTREE2 方法生成的系统发育树结果文件，呈现物种进化关系
- 其他分析文件
- 文件名称：Ebel_POMO.cf
- 文件格式：CF
- 字段映射介绍：POMO 分析相关结果文件
- 文件名称：Ebel_SNAPP.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：SNAPP 分析的元数据文件
- 文件名称：Ebel_BPP_loci.prn
- 文件格式：PRN
- 字段映射介绍：BPP 分析的基因座相关结果文件
- 文件名称：Ebel_IQTREE2.phy
- 文件格式：PHY
- 字段映射介绍：IQTREE2 分析的输入序列文件
数据来源
论文“Erosional exhumation of carbonate rock facilitates dispersal-mediated allopatric speciation in freshwater fishes”
适用场景
- 进化生物学研究：分析淡水鱼类异域物种形成的驱动机制，探究地质变化（碳酸盐岩侵蚀）对物种分化的影响
- 物种保护评估：基于物种界定结果，为微特有分布的新物种（如与 E. chermocki 分布相似的物种）保护优先级制定提供数据支持
- 系统基因组学分析：利用 BPP、IQTREE2 等工具的输入输出文件，复现或拓展物种界定与系统发育关系研究
- 生物地理学分析：结合地理隔离与物种分布数据，研究淡水鱼类群落的地理分化模式
