数据集概述
本数据集为“长期定植患者中产超广谱β-内酰胺酶肠杆菌（ESBL-PE）的宿主内遗传多样性”研究的数据源文件，包含研究的原始数据、元数据及结果，按论文图表和补充材料结构组织，支持分析ESBL-PE在患者体内的长期遗传多样性、菌株持续性及耐药基因传播特征。
文件详解
- Excel数据文件（.xlsx，18个）
- 示例文件：Fig02b_delta_time_allclusters.xlsx、Table01_Kpneumoniae_isos_per_patient.xlsx、FigS07_Distribution_Inc_Betalactamases_ESBL.xlsx
- 内容：涵盖菌株时间差异、患者分离株统计、耐药基因分布等研究图表对应的结构化数据
- 系统发育树文件（.nwk，2个）
- 示例文件：Fig01_cgMLST_ecoli_inhost_284.nwk、Fig01_cgMLST_kleb_inhost_76.nwk
- 内容：大肠杆菌和肺炎克雷伯菌的核心基因组多位点序列分型（cgMLST）系统发育树数据
- 压缩包文件（.zip，9个）
- 示例文件：ESBLp_Ecoli.zip、bothSpp_ESBLp_BRIG_figures_allPacBio.zip、Ecoli_genomes_shovill.zip
- 内容：包含菌株基因组数据、可视化图表等归档文件
数据来源
论文“Within-host genetic diversity of extended-spectrum beta-lactamase-producing Enterobacterales in long-term colonized patients”；测序数据存储于NCBI BioProject（PRJNA910977）
适用场景
- 细菌耐药性流行病学研究: 分析ESBL-PE在长期定植患者体内的遗传多样性与演化特征
- 菌株持续性监测: 研究ESBL-肺炎克雷伯菌和大肠杆菌在患者体内的长期定植模式
- 耐药基因传播分析: 探究耐药基因、质粒复制子在不同菌株间的共享机制
- 临床感染风险评估: 评估长期定植患者作为ESBL耐药菌传播 reservoir 的潜在风险
- 基因组数据分析: 基于cgMLST系统发育树开展菌株亲缘关系与进化路径研究
