恶性疟原虫治疗期宿主内多样性追踪扩展数据集

数据集概述

本数据集是临床药物试验中，针对恶性疟原虫ama1和mdr1基因的扩增子深度测序扩展数据，包含人工混合菌株验证、引物信息、ama1变异体频率、微单倍型分布及治疗期寄生虫密度等补充数据，支持治疗期宿主内疟原虫多样性研究。

文件详解

• 综合表格文件（.docx格式）：
• Table S1, S2 and S3.docx：包含3个表格，分别为3D7与Dd2人工混合菌株的寄生虫密度数据、PCR及深度测序引物列表、ama1变异体相对频率及样本数量
• Excel数据文件（.xlsx格式）：
• Table S4.xlsx：展示所有样本中ama1微单倍型的分布，含克隆性分类、参与者ID、微单倍型ID及各时间点相对频率
• Table S5.xlsx：记录罕见ama1微单倍型的分布，含参与者ID、微单倍型ID及各时间点相对频率，橙色标注特定参与者样本
• Table S6.xlsx：呈现各时间点ama1微单倍型对应的寄生虫密度，含患者ID、基线感染复杂度及各时间点微单倍型寄生虫密度
• PDF图表文件（.pdf格式）：
• Figure S1.pdf：扩增子测序（AmpSeq）在测序对照中的性能数据，含ama1和mdr1基因的变异体比例及测序深度
• Figure S2.pdf：ama1和mdr1基因成功PCR扩增及测序样本的热图，含各时间点样本状态及寄生虫密度分组
• JPEG图表文件（.jpeg格式）：
• Figure S3.jpeg：治疗期间基于ama1的平均感染复杂度（COI）变化趋势图

适用场景

• 疟原虫分子流行病学研究：分析治疗过程中恶性疟原虫宿主内多样性变化
• 抗疟药物疗效评估：探究药物治疗对疟原虫克隆结构及罕见变异体的影响
• 分子检测方法验证：验证扩增子深度测序在疟原虫混合感染检测中的性能
• 寄生虫耐药机制研究：关联ama1/mdr1基因变异与治疗期寄生虫密度动态