数据集概述
本数据集为研究论文《泛癌治疗性T细胞靶点图谱》的原始提交数据，包含支持泛癌T细胞靶点研究的原始数据、分析脚本及结果表格，覆盖基因、细胞等生物学信息与数据处理内容，为相关研究提供基础数据支持。
文件详解
- 表格文件（位于ImmunoVerse/tables/目录下）:
- 格式: Excel (.xlsx)
- 示例文件: TableS1.xlsx、TableS4.xlsx、TableS8.xlsx、TableS9.xlsx、TableS6.xlsx、TableS3.xlsx、hla_pathway.xlsx、TableS2.xlsx
- 说明: 包含研究相关的补充表格数据，具体内容需参考文件内部信息。
- 脚本文件（位于ImmunoVerse/scripts/目录下，按功能分组）:
- 格式: Python脚本 (.py)、Shell脚本 (.sh)、批处理脚本 (.sbatch)、配置文件 (.json)
- 功能分组及示例:
- HMF_vaccine: preprocess_tesorai.py（预处理）、plot_psm_vaccine.py（绘图）、sub_all.sbatch（提交任务）
- benchmark_tesorai: compare_tesorai.py（对比分析）
- n_circulans: run_kraken2.sh（运行Kraken2）、draw_circulans.py（绘图）
- PMEL: analyze_pmel.py（分析）、compare_abundant.py（丰度对比）
- safety_screen: transfer.py（数据传输）、sub_all.sbatch（提交任务）
- summary: signal_peptide.py（信号肽分析）、splicing.py（剪接分析）、overview.py（概述）、cart_targets.txt（CAR-T靶点列表）
- webtool: catalogue.py（目录生成）、aux_web_deepimmuno.py（辅助工具）
- 文本与表格数据文件（位于ImmunoVerse/scripts/summary/目录下）:
- 格式: 文本文件 (.txt)、制表符分隔文件 (.tsv)
- 示例文件: splicing_peptides.txt（剪接肽数据）、hbv_mhc_i_no_b_host_human.tsv（HBV MHC I表位数据）、cmv_mhc_i_no_b_host_human.tsv（CMV MHC I表位数据）
适用场景
- 肿瘤免疫学研究: 分析泛癌中治疗性T细胞靶点的分布与特征
- 疫苗开发: 基于HMF_vaccine相关脚本与数据，研究肿瘤疫苗靶点筛选
- 免疫治疗靶点挖掘: 利用summary目录下的靶点列表与表位数据，识别潜在CAR-T或免疫检查点靶点
- 生物信息学方法验证: 复现或扩展脚本中实现的生物信息学分析流程（如Kraken2分类、剪接分析）
- 数据库构建: 基于webtool脚本与表格数据，搭建T细胞靶点相关的查询工具
