数据集概述
本数据集为研究非洲农村湖泊中农业土地利用及富营养化对寄生吸虫群落影响的分析数据，包含乌干达西部34个火山口湖的螺类宿主、吸虫分类、环境变量等数据，以及分析脚本和系统发育树文件，支持相关生态机制研究。
文件详解
- 代码文件：
- R_script_trematode_diversity.R：R脚本文件，用于执行研究的探索性和推断性分析，生成图表
- 系统发育树文件：
- ML_concat_tree_renamed3b.nexus：NEXUS格式文件，包含研究中发现的吸虫类群的系统发育树拓扑结构，用于计算系统发育多样性
- 数据文件：
- all_RD_processed_snails.csv：CSV格式，包含螺类标本标识符及样本采集湖泊编码
- df_Bulinus_analysis4.csv：CSV格式，包含各研究湖泊的环境变量数据集，通过湖泊名称、编码和坐标关联
- diag_size.csv：CSV格式，包含螺类大小及吸虫感染的RD-PCR诊断数据
- host_ID.csv：CSV格式，包含各吸虫类群的鉴定信息及其终末宿主
- seqtab_clean_valid_spe.csv：CSV格式，高通量测序流程输出，用于推断吸虫感染身份
- table_snail.csv：CSV格式，包含采集的螺类宿主的标本ID和物种鉴定信息
- wannes_data.csv：CSV格式，包含研究湖泊的额外环境数据
适用场景
- 寄生虫生态学研究：分析农业土地利用和富营养化对寄生吸虫群落结构的影响
- 公共卫生研究：探究吸虫类群与终末宿主的关联，评估人兽共患病风险
- 水生生态系统监测：利用螺类宿主和环境变量数据，研究湖泊生态系统对人为干扰的响应
- 分子生物监测应用：基于高通量测序数据，优化寄生生物群落的分子鉴定方法
- 生物多样性分析：结合系统发育树文件，开展吸虫类群的系统发育多样性研究
