数据集概述
本数据集包含与Formin基因相关的生物左右不对称性研究数据,涉及池塘蜗牛和青蛙等生物。数据涵盖基因序列、qPCR原始数据、BAC组装结果等,支持研究Formin在对称性打破中的作用,以及不同生物中不对称基因表达的机制。数据集共11个文件,包含多种格式的基因序列、原始数据和补充表格。
文件详解
- 基因序列文件(.fas格式,共7个)
- 文件名称:gastropods_fh2_domain_aligned.fas、Euhadra_formin_intron_sequence.fas、LSU_SSU.fas、Partula_formin_intron_sequences.fas、FH2_animals.fas、Lfry_Ltud_Lprcp_Lmfsd.fas、Ldia_aligned.fas
- 文件格式:FAS
- 字段映射介绍:包含不同生物(如腹足类、青蛙)的Formin基因相关序列,如FH2结构域比对序列、内含子序列、核糖体RNA序列等,用于基因进化和功能分析。
- 压缩文件(.gz格式,共2个)
- 文件名称:BAC_assembly.fasta.gz、gLs.scaffolds.fa.gz
- 文件格式:GZ
- 字段映射介绍:包含BAC(细菌人工染色体)组装结果和基因组 scaffold 序列,用于基因结构和基因组分析。
- 原始数据文件(.xlsx格式,共2个)
- 文件名称:qPCR_raw_data_relates_to_Fig1_FigS2a.xlsx、Table S1.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:包含qPCR实验原始数据(与研究中的图1和图S2a相关)及补充表格,用于基因表达分析和实验结果验证。
数据来源
论文“Formin is associated with left-right asymmetry in the pond snail and the frog”
适用场景
- 生物左右不对称性机制研究: 分析Formin基因在池塘蜗牛和青蛙对称性打破中的作用,探索早期胚胎发育中的不对称信号通路。
- 基因序列进化分析: 利用比对后的基因序列(如FH2结构域、内含子序列),研究Formin基因在不同生物中的进化关系。
- 基因表达验证: 通过qPCR原始数据,验证Formin基因在不同发育阶段的表达水平,支持不对称基因表达的机制研究。
- 基因组结构分析: 使用BAC组装结果和scaffold序列,分析Formin基因所在的基因组区域结构,探索基因调控元件。
- 生物发育生物学研究: 结合多种数据,探究细胞骨架(如formin-actin丝)在生物左右不对称发育中的作用。