数据集概述
本数据集聚焦蒺藜苜蓿-苜蓿中华根瘤菌共生系统,探究基因型-环境(G×E)互作是否为维持共生相关性状遗传变异的机制。通过温室实验,在正常光照和遮荫条件下种植50种豆科植物基因型,记录植物表型与共生性状数据,包含原始数据、分析代码等5个文件。
文件详解
- 文档文件
- 文件名称:README_-_Raw_Data.rtf
- 文件格式:RTF
- 字段映射介绍:数据集说明文档,包含数据背景、实验设计及数据采集方法概述
- 原始数据文件
- 文件名称:Raw_Data_-_Vaidya___Stinchcombe_Plant_Comm.csv
- 文件格式:CSV
- 字段映射介绍:包含Short ID(样本短ID)、Genotype(基因型)、Treatment(处理条件)、Block(区组)、Rack Location(架子位置)、leaves(叶片数)、nodules(根瘤数)、shoot biomass (g)(地上生物量)、root biomass (g)(地下生物量)、total biomass (g)(总生物量)、shoot:root(地上地下生物量比)
- 文件名称:Raw_Data_-_Vaidya___Stinchcombe_Plant_Comm.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:与CSV格式原始数据内容一致,为表格形式的原始实验数据
- 代码文件
- 文件名称:checkAssumptions.R
- 文件格式:R
- 字段映射介绍:用于检验数据统计假设的分析代码
- 文件名称:Data_Analysis_-_Vaidya___Stinchcombe_Plant_Comm.R
- 文件格式:R
- 字段映射介绍:数据集主分析代码,用于处理和分析实验数据
数据来源
论文“The potential for genotype-by-environment interactions to maintain genetic variation in a model legume–rhizobia mutualism”
适用场景
- 共生遗传机制研究: 分析豆科植物-根瘤菌共生系统中遗传变异的维持机制
- 基因型-环境互作分析: 探究光照环境对共生相关性状(如根瘤数)基因型表现的影响
- 植物表型与共生性状关联研究: 研究叶片数、生物量等表型性状与根瘤数的相关性
- 进化生物学分析: 验证G×E互作在定向选择下维持遗传变异的作用机制