数据集概述
本数据集为Galaxy IUC平台上Seurat_v5工具的测试数据,包含细胞、基因相关的生物数据及处理结果,涵盖合并、标准化、转换等数据处理环节,以.rds格式文件为主,辅助多种图表与文本文件,支持工具功能验证与测试。
文件详解
- 数据文件:
- .rds文件(45个):如added_metadata.rds、clusters_leiden.rds、splitdata.rds等,存储细胞、基因相关的处理后数据
- .tsv文件(4个):如metadata.tsv、barcodes.tsv、counts.tsv、genes.tsv,包含元数据、细胞条形码、基因计数等表格数据
- .csv文件(6个):如allmarkers.csv、markers.csv、markersMAST.csv,记录基因标记分析结果
- .tabular文件(5个):如inspect_metadata_group.tabular、inspect_features.tabular,存储结构化的检查数据
- .tab文件(6个):如adt.tab、inspect_matrix.tab,包含表格形式的细胞或基因数据
- 文本文件:
- .txt文件(3个):如variable_top10.txt、top_pcs.txt、inspect.txt,记录基因列表、主成分分析结果等文本信息
- 图表文件:
- .png文件(5个):如DoHeatmap.png、FeatureScatter.png、DotPlot.png,展示基因表达热图、特征散点图等可视化结果
- .tiff文件(1个):DimHeatmap.tiff,存储维度热图
- .pdf文件(1个):CellScatter.pdf,包含细胞散点图
- .eps文件(1个):ElbowPlot.eps,为主成分分析肘部图
- .svg文件(1个):VariableFeaturePlot.svg,展示可变特征基因图
- .jpeg文件(1个):VizDimLoadings.jpeg,为维度载荷可视化图
- .tex文件(1个):DimPlot.tex,可能为维度分布图的LaTeX代码
适用场景
- 生物信息学工具测试:验证Galaxy IUC平台Seurat_v5工具的功能完整性与准确性
- 单细胞数据分析流程验证:测试细胞基因数据的合并、标准化、聚类等处理环节
- 生物数据可视化方法测试:评估基因表达、细胞分布等图表生成功能
- 生物信息学教学:作为Seurat工具使用与单细胞数据分析的教学测试案例