数据集概述
本数据集为Galaxy BASIC组装工作流训练教程提供所需数据，支持使用BASIC组装方法设计编码预测代谢途径的质粒，可生成用于Opentrons液体处理机器人自动构建质粒的脚本。数据集包含4个文件，涉及SBML模型、CSV部件列表及YAML设备参数设置。
文件详解
- SBML模型文件
- 文件名称：rp_002_0011.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：建模异源途径生产番茄红素的SBML文件，对应Pathway Analysis Workflow生成的代谢途径模型。
- CSV部件列表文件
- 文件名称：parts_for_lycopene.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含id（部件ID）、type（部件类型，如neutral linker、methylated linker）、sequence（序列）、comment（注释）等字段，列出构建质粒所需的接头、骨架和启动子等部件。
- YAML设备设置文件
- 文件名称：dnabot_london_settings.yaml、dnabot_paris_settings.yaml
- 文件格式：YAML
- 字段映射介绍：提供实验室设备标识符和DNA机器人参数的设置示例，包含2个不同场景的配置文件。
数据来源
Galaxy BASIC assembly workflow training tutorial（https://galaxy-synbiocad.org）
适用场景
- 合成生物学教学：用于Galaxy平台BASIC组装方法的训练教程，帮助用户掌握质粒设计流程。
- 代谢途径质粒设计：支持编码预测代谢途径的质粒设计，如番茄红素生产途径。
- 自动化实验脚本生成：生成Opentrons液体处理机器人自动构建质粒的脚本，用于实验室自动化操作。
- 合成生物学部件管理：通过CSV文件管理质粒构建所需的DNA部件信息，支持部件筛选与整合。
