数据集概述
本数据集为Galaxy平台中Circos可视化GTN教程所需的配套数据,包含核型定义、基因信息、密度统计、链接关系等多种类型的生物信息学数据文件,支持Circos可视化分析的实践操作。
文件详解
- 核心数据文件:
- 核型相关文件:如
data-karyotype-README(TXT格式,核型文件说明)、data-karyotype-assembly-README(TXT格式,核型组装说明)、hg18_karyotype_bands.tsv(TSV格式,hg18基因组核型带数据)
- 基因与密度数据文件:如
data-3-genes.txt(TXT格式,基因信息)、data-6-snp.density.250kb.txt(TXT格式,SNP密度数据)、data-8-17-genes.dat(DAT格式,基因数据)
- 链接与可视化文件:如
data-8-11-links.txt(TXT格式,链接关系数据)、data-8-ribbon.txt.bak(TXT格式,备份的丝带图数据)、data-background.png(PNG格式,背景图片)
- 实验数据文件:如
VCaP_B-allele-Frequency.tsv(TSV格式,B等位基因频率数据)、VCaP_Copy-Number.tsv(TSV格式,拷贝数数据)
- 脚本与处理文件:如
data-8-16-makefiles.sh(SH格式,生成文件脚本)、data-8-makelinkid(无扩展名,生成链接ID的脚本)
适用场景
- 生物信息学教学:用于Circos可视化工具的实践教学,帮助学习者掌握基因组数据可视化方法
- 基因组数据分析:支持基因位置、拷贝数变异、SNP密度等基因组特征的可视化分析
- 生物数据处理实践:作为Galaxy平台数据处理流程的示例数据,用于数据格式转换、链接关系构建等操作练习
- 医学遗传学研究:辅助解析肿瘤样本(如VCaP细胞系)的基因拷贝数、等位基因频率等变异信息