数据集概述
本数据集为研究哺乳动物细胞同源染色体3D折叠变异的补充数据，基于基因组架构图谱（GAM）技术对杂交小鼠胚胎干细胞（mESC）的分析结果，包含染色质区室、拓扑关联域（TADs）、增强子-启动子接触等单倍型特异性3D结构差异及相关基因表达、表观遗传特征数据，共4个文件。
文件详解
- 文件名称：Transcription factor motif enrichment at CAST or S129 ATAC peaks present at promoters, intergenic or genic regions.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含CAST或S129单倍型ATAC峰（位于启动子、基因间或基因区域）的转录因子基序富集信息
- 文件名称：Insulation score data for unphased, CAST and S129 alleles.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含未分相、CAST及S129单倍型的绝缘分数数据
- 文件名称：Gene expression levels, epigenetics features and classifications of gene transcripts.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含基因转录本的表达水平、表观遗传特征及分类信息
- 文件名称：Phased and unphased peaks for ATAC, H3K4me3, H3K27ac, CTCF, Rad21, H3K27me3, Pol2_S5p, Pol2_S7p.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含ATAC、H3K4me3、H3K27ac、CTCF、Rad21、H3K27me3、Pol2_S5p、Pol2_S7p的分相及未分相峰数据
数据来源
论文“Extensive folding variability between homologous chromosomes in mammalian cells”
适用场景
- 3D基因组结构研究：分析同源染色体间染色质区室、TADs等结构的单倍型特异性差异
- 基因表达调控分析：探究3D基因组结构变异与等位基因特异性基因表达的关联机制
- 表观遗传学研究：结合H3K27me3等表观遗传标记，研究Polycomb抑制对染色质结构及基因表达的影响
- 转录因子调控分析：基于ATAC峰的转录因子基序富集数据，研究转录因子对染色质可及性的调控作用
