数据集概述
该数据集是论文《高地色素马铃薯对LPS诱导的THP-1巨噬细胞炎症的预防作用》的配套分子对接数据,包含不同配体(CGA、lig、Pg3G、Pn3G)与转运蛋白(GLUT1、GLUT3、SGLT1)的对接构象及得分,支持研究色素马铃薯成分的抗炎机制。
文件详解
数据集包含一个压缩文件,内部按配体-蛋白组合分类存储分子对接数据,具体如下:
- 压缩文件: toccaceli_et_al.zip(ZIP格式),内部包含多个子目录及文件
- 目录结构与内容(按配体分类):
- CGA目录:含GLUT1_4PYP_prepared.pdb(目标蛋白结构)及3个对接构象文件(pose_1至pose_3.pdb),对应对接得分分别为负十一点七九一、负十一点七二六、负十点九五二
- lig目录:含GLUT1_4PYP_prepared.pdb及3个对接构象文件(pose_1至pose_3.pdb),对应对接得分分别为负十点七九五、负十点五四九、负十点四零一
- Pg3G目录:含GLUT1_4PYP_prepared.pdb及3个对接构象文件(pose_1至pose_3.pdb),对应对接得分分别为负十三点零一七、负十二点八一零、负十二点七五零
- Pn3G目录:含GLUT1_4PYP_prepared.pdb及3个对接构象文件(pose_1至pose_3.pdb),对应对接得分分别为负十四点二一零、负十三点七六八、负十三点三九一
- 其他转运蛋白相关目录(GLUT3、SGLT1):结构与上述类似,包含对应目标蛋白结构文件及不同配体的对接构象文件与得分
适用场景
- 分子药理学研究:分析高地色素马铃薯活性成分与转运蛋白的结合模式及亲和力
- 抗炎机制研究:探究色素马铃薯成分通过调控转运蛋白发挥抗炎作用的分子机制
- 药物分子设计:为基于天然产物的抗炎药物开发提供分子对接数据支持
- 生物信息学分析:用于验证分子对接算法或构建药物-靶点相互作用模型