数据集概述
本数据集围绕酵母单细胞RNA-seq（scRNA-seq）数据，通过分析基因表达水平的噪声变化，捕捉传统均值变化方法无法检测的补偿性基因调控相互作用。包含核心分析代码、基因名称转换表、遗传相互作用数据及噪声变化基因列表，支持研究功能补偿对基因调控网络推断的影响。
文件详解
- 核心代码文件
- 文件名称：Main.R、CreateBASiCS.R、DifferenceTestAll.R、DifferenceTestCluster.R、STP12_detail_analysis.Rmd、CreateSupFig2.R、CreateFigure4AndS6.R
- 文件格式：R、Rmd
- 字段映射介绍：Main.R为执行入口（含操作指南）；CreateBASiCS.R用于从原始计数矩阵生成含均值和噪声数据的BASiCS链对象；DifferenceTestAll.R/DifferenceTestCluster.R分别基于全细胞/分簇细胞的表达均值与噪声进行差异检验及富集分析；STP12_detail_analysis.Rmd输出讨论部分结果；CreateSupFig2.R/CreateFigure4AndS6.R用于生成补充图2、主图4及补充图6
- 基因名称转换表
- 文件名称：YeastGeneNameList.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：含Name（基因常用名，如TSC3）、ORF（Yeastract格式ORF ID，如YBR058C.A）、SGD（SGD格式ORF ID，如YBR058C-A）三列
- 遗传相互作用数据
- 文件名称：GeneticInteraction(ORF).csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：含V1和V2两列，记录从Yeastract下载的基因间调控关系（V1调控V2）
- 噪声变化基因列表文件夹
- 文件夹名称：NoiseChangeGeneList
- 内容说明：包含生成表1和表S2所需的数据，文件夹内文件为SourceCode1031.zip（压缩包格式）
适用场景
- 基因调控网络推断优化: 利用噪声变化分析捕捉传统均值方法遗漏的补偿性调控相互作用
- 单细胞转录组噪声分析: 基于scRNA-seq数据研究基因表达噪声的生物学意义及调控机制
- 酵母功能补偿机制研究: 分析STP1/STP2单基因缺失后的噪声变化基因，探索冗余功能基因的补偿效应
- 生物信息学方法开发: 验证噪声差异比较在基因调控网络推断中的应用价值
- 基因功能注释: 结合噪声变化基因的富集分析（如“transport”通路），挖掘新的下游调控基因功能
