数据集概述
本数据集为巴西东南海岸淡水鱼（Hollandichthys multifasciatus）古水系基因组特征研究的相关文件，包含遗传数据文件、结构数据文件及分析代码文件，共4个文件。数据用于验证更新世海平面变化导致的古水系对鱼类种群遗传结构的影响，探索古水系面积和河流数量与遗传多样性的关联，揭示淡水鱼类遗传结构与古水系属性的关系。
文件详解
- Dataset_sumstats_t75_p10.vcf.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩文件，包含淡水鱼种群的基因组变异数据（VCF格式）及相关统计信息，用于分析遗传结构和多样性
- Dataset_Structure_25missing.stru
- 文件格式：STRU
- 字段映射介绍：种群结构分析数据文件，包含样本的基因型信息，缺失率控制在25%以内，用于群体遗传结构解析
- sampleDownGeno2SFS_MOD.py
- 文件格式：PY
- 字段映射介绍：Python分析代码文件，用于将基因型数据转换为等位基因频率谱（SFS），支持遗传多样性相关分析
- Whitelist_STACKS.r
- 文件格式：R
- 字段映射介绍：R语言代码文件，用于处理STACKS软件输出的基因位点数据，筛选有效位点（白名单），辅助基因组数据分析
数据来源
论文“Genomic signatures of paleodrainages in a freshwater fish along the southeastern coast of Brazil: genetic structure reflects past riverine properties”
适用场景
- 淡水鱼类种群遗传学研究: 分析古水系对巴西东南海岸淡水鱼遗传结构的影响，验证遗传多样性与古水系属性的关联
- 古水系与生物演化关系研究: 探索更新世海平面变化导致的古水系变化对河流生物种群分化的驱动作用
- 基因组数据分析方法应用: 利用提供的Python和R代码，复现或扩展淡水鱼类基因组变异数据的处理与分析流程
- 新热带区淡水生物多样性机制研究: 结合古水系遗传特征，解释新热带区淡水鱼类高物种多样性的形成原因
- 海平面变化生态效应评估: 以鱼类遗传结构为指标，评估历史海平面变化对河流生态系统生物地理格局的长期影响
