数据集概述
本数据集聚焦葡萄属(Vitis)基因组辅助祖先溯源研究,基于美国农业部(USDA)葡萄种质资源库的全基因组多态性数据,采用主成分分析(PCA)方法计算杂交葡萄的混合比例,为葡萄分子标记辅助育种提供基础,同时验证了少至50个祖先信息标记(AIMs)对种间杂交葡萄祖先估计的准确性。
文件详解
- 文件名称:README_for_131021_Genomics_assisted_ancestry_deconvolution_in_grape.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:包含研究背景说明、数据对应论文通讯作者信息(Sean Myles)、文件描述(如vitis9ksnp_finalfilt.ped文件为PLINK格式的基因型表,含USDA种质库1817份葡萄材料的6114个标记基因型,基于Vitis9K SNP芯片获取)
- 文件名称:131021_Genomics_assisted_ancestry_deconvolution_in_grape.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:压缩包形式,推测包含研究相关的基因组多态性原始数据或分析中间文件
适用场景
- 葡萄分子标记辅助育种: 利用祖先溯源结果筛选具有理想野生葡萄物种基因渗入的杂交后代,加速育种进程
- 葡萄种质资源遗传多样性研究: 分析USDA葡萄种质库中栽培种与野生种的遗传混合比例及亲缘关系
- 祖先信息标记(AIMs)开发: 验证少标记面板在葡萄种间杂交祖先估计中的准确性,优化标记选择策略
- 葡萄育种历史追溯: 解析近百年葡萄种间杂交育种中野生葡萄物种的利用模式