数据集概述
本数据集为沙粒病毒空间传播与宿主系统地理结构关联研究的支撑数据,包含坦桑尼亚啮齿动物宿主(Mastomys natalensis两个亚类群)的野外采样、实验室检测、微卫星基因型及景观分析相关数据,共7个文件,用于验证宿主内在屏障对病毒跨亚类群传播的限制作用。
文件详解
- 文档类文件(.txt格式,共3个)
- 文件名称:README_for_FieldLabData_GryseelsPLoSPathogens2016.txt
- 内容:解释野外与实验室数据文件的背景与字段说明
- 文件名称:README_for_Landscape cost values for GIS and Circuitscape analyses_GryseelsPLoSPathogens2016.txt
- 内容:说明景观成本值数据的用途与分析背景
- 文件名称:STRUCTURE parameter settings.txt
- 内容:记录STRUCTURE软件分析所用参数设置,包括数据文件路径、输出路径等
- 数据类文件(.xlsx/.xls格式,共3个)
- 文件名称:FieldLabData_GryseelsPLoSPathogens2016.xlsx
- 字段映射:包含捕获动物的唯一ID、采集日期、采样来源分类等野外与实验室信息
- 文件名称:Landscape cost values for GIS and Circuitscape analyses_GryseelsPLoSPathogens2016.xls
- 内容:用于GIS和Circuitscape分析的景观成本值数据
- 文件名称:Microsatellite genotypes_GryseelsPLoSPathogens2016.xlsx
- 内容:宿主啮齿动物的微卫星基因型数据
- 压缩类文件(.zip格式,共1个)
- 文件名称:MrBayes input files.zip
- 内容:MrBayes软件分析的输入文件压缩包
数据来源
论文“When viruses don't go viral: the importance of host phylogeographic structure in the spatial spread of arenaviruses”
适用场景
- 宿主-病毒共分布研究:分析沙粒病毒(Gairo、Morogoro病毒)与啮齿动物亚类群的空间匹配关系
- 病毒传播屏障验证:利用宿主基因型与病毒分布数据,验证宿主内在屏障对病毒跨亚类群传播的限制作用
- 景观遗传学分析:结合景观成本值数据,探究景观特征对宿主与病毒空间分布的影响
- 微卫星基因型分析:通过宿主微卫星数据解析Mastomys natalensis亚类群的遗传结构