数据集概述
本数据集为小鼠睾丸单细胞RNA测序的处理数据，来自研究5种小鼠品系睾丸基因调控与病理学的统一单细胞分析。包含细胞元数据、标准化表达矩阵、基因注释、基因本体富集等关键分析结果，以及质控、基因调控概率矩阵等辅助数据，支持对睾丸细胞类型、基因表达模式及调控机制的研究。
文件详解
- 核心分析对象压缩包：
- 文件名称：
SDA_objects.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含6类关键数据对象，解压后可用于Shiny应用
cell_data：细胞元数据（80列，含细胞ID、SDA成分细胞得分、tSNE坐标、伪时间、实验组等）data：标准化基因表达稀疏矩阵（20322个细胞×19262个基因）gene_annotations：基因注释（含基因位置、组织富集度、不育基因状态）GO_enrich：基因本体富集结果（各成分的富集基因、p值、富集值）principal_curves：伪时间轨迹列表（princurve()输出）SDAresults：SDA分析结果（SDAtools::load_results()加载）- 辅助R数据对象（RDS格式）：
QC_count_matrix.rds：质控用原始计数稀疏矩阵cell_imputation_AUCs.rds：细胞插补方法的PRAC AUC值（含未插补、均值、SDA、ICA等方法）HocomocoV11_motifProbs_matrix.rds：HocomocoV11数据库基序的调控概率矩阵motifFinder_denovo.rds：启动子区域从头基序分析结果列表motifFinder_denovo_fixed.rds：125个从头基序在所有基因上的固定基序分析结果列表tomtom_matched_motifs.rds：从头基序的TOMTOM匹配结果及元数据
数据来源
论文“Unified single-cell analysis of testis gene regulation and pathology in 5 mouse strains”（GEO编号：GSE113293）
适用场景
- 睾丸单细胞基因表达分析: 利用标准化表达矩阵和细胞元数据，识别小鼠睾丸细胞类型及特异性基因表达模式
- 基因调控机制研究: 通过SDA结果、基序概率矩阵和富集分析，解析睾丸细胞中基因调控网络及关键转录因子
- 数据插补方法评估: 基于细胞插补AUC值，比较不同插补算法在单细胞RNA测序数据中的性能
- 病理学机制探索: 结合5种小鼠品系的实验分组数据，研究睾丸病理状态下的基因表达变化及调控异常
- 生物信息学工具开发: 利用标准化处理数据验证单细胞分析算法（如SDA、ICA、MAGIC等）的有效性
