数据集概述
本数据集围绕两种淡水底栖硅藻(Eunotia bilunaris 'robust'和Sellaphora capitata)的种群遗传多样性与分化展开,通过微卫星标记及基因序列分析,探究其种群结构、地理分化及遗传多样性特征,共包含8个相关文件。
文件详解
- 基因序列比对文件(.fas格式)
- 文件名称:Alignment_complete_rbcL_Eunotia.fas、Alignment_cox1_Sellaphora_capitata.fas、Alignment_partial_rbcL_Eunotia.fas
- 文件格式:FAS
- 字段映射介绍:包含两种硅藻的rbcL、cox1基因序列比对数据,用于遗传分化和系统发育分析。
- 系统发育树文件(.con格式)
- 文件名称:BI_consensus_phylogeny_cox1_Sellaphora_capitata.con、BI_consensus_phylogeny_rbcL_Eunotia.con
- 文件格式:CON
- 字段映射介绍:基于贝叶斯推断的硅藻基因序列系统发育树结果文件,记录种群间的进化关系。
- 地理分化分析文件(.xlsx格式)
- 文件名称:Isolation_by_distance.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:包含距离隔离分析数据,用于探究种群分化与地理距离的相关性。
- 基因型数据文件(.xlsx格式)
- 文件名称:MLG_data_Ebilunaris_robust.xlsx、MLG_data_Sellaphora_capitata.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:分别记录两种硅藻的多位点基因型(MLG)数据,用于分析种群遗传多样性和基因型分布特征。
数据来源
论文“Genotypic diversity and differentiation among populations of two benthic freshwater diatoms as revealed by microsatellites”
适用场景
- 淡水微生物种群遗传学研究:分析两种底栖硅藻的种群遗传结构、分化模式及基因流特征。
- 遗传多样性评估:基于基因型数据探究不同生境(池塘、连通池塘、孤立池塘)下硅藻的遗传多样性水平。
- 地理隔离与种群分化关系研究:利用距离隔离分析数据,验证淡水硅藻种群分化的地理驱动因素。
- 分子系统发育分析:通过基因序列比对和系统发育树文件,研究硅藻种群的进化关系和分类地位。
- 淡水生态系统连通性研究:结合种群分化数据,评估淡水栖息地连通性对微生物种群结构的影响。