数据集概述
本数据集包含肠道-大脑轴细菌直接互作神经动力学研究的RNA-seq分析数据，包括计数矩阵、样本元数据及差异基因表达（DGE）分析代码，共22个文件，覆盖基因表达定量、元数据记录、生物信息学分析脚本等内容，支持肠道微生物与神经互作的转录组学研究。
文件详解
- 数据文件
- 基因计数文件：
counts_genes_36.txt（TXT格式）、counts_genes_34_adj.txt（TXT格式），包含样本（S01-S36等）的基因表达计数数据
- 差异基因结果文件：
Option_A_mix_DEGs_stringent.csv（CSV格式）、Option_A_mix_DEGs_total.csv（CSV格式）、Option_A_mix_DEGs_stringent.xlsx（XLSX格式）、Option_A_mix_DEGs_total.xlsx（XLSX格式）、Option_A_mix_DEGs_weak_df_metadata.rds（RDS格式），含ensembl_gene_id、log2FoldChange、padj、entrezgene_id等差异基因字段
- 元数据文件：
Metadata.xlsx（XLSX格式），记录样本元数据信息
- 基因注释文件：
mart.rds（RDS格式）、genes.rds（RDS格式）、trans_gene.txt（TXT格式），提供基因注释相关数据
- 功能数据库文件：
HALLMARKS.xlsx（XLSX格式），包含通路分析相关的HALLMARKS数据库信息
- 代码文件（.R格式，共7个）
DE_Batch_Thesis.R：批量差异基因表达分析脚本ad_hoc_functions.R：自定义辅助函数脚本classification_of_activity_patterns.R：活性模式分类分析脚本GSEA_GO.R：基因集富集分析（GSEA）与基因本体（GO）分析脚本read_excel_allsheets.R：Excel多工作表读取脚本- 文档与其他文件
demo.Rmd_session_07_05_2024.txt（TXT格式）：演示文档会话记录selected_DEGs.txt（TXT格式）：筛选后的差异基因列表
适用场景
- 肠道-大脑轴分子机制研究：分析细菌互作下神经相关基因的表达变化，探究肠道微生物对神经功能的调控机制
- 差异基因表达分析：利用DGE分析代码及结果文件，研究肠道细菌互作过程中的关键差异表达基因
- 基因功能富集分析：通过GSEA_GO.R脚本及HALLMARKS数据库，挖掘差异基因涉及的生物通路与功能注释
- 生物信息学方法复现：基于提供的R代码，复现肠道-大脑轴转录组数据的标准化分析流程
- 肠道微生物与神经疾病关联研究：结合基因表达数据，探索肠道细菌互作与神经疾病的潜在分子关联
