数据集概述
本数据集包含Gellman et al. 2023年研究中Hadza Prevotella的基因组组装、注释及CAZy（碳水化合物活性酶）预测结果，涉及相关菌株（如Pcopri、Btheta、Buniformis）的基因组支架、基因注释文件、CAZy酶分类数据及分析代码，共47个文件，用于支持饮食来源碳水化合物对肠道菌群定植影响的研究。
文件详解
- 基因组支架文件（.fasta）
- 文件名称：如Pcopri_2379_scaffolds.fasta、Btheta04_scaffolds.fasta等
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含Hadza Prevotella及相关菌株的基因组DNA序列片段（scaffolds）
- 基因注释文件（.gff）
- 文件名称：如BF1.gff、Pcopri_2489_02.gff、Buniformis.gff等
- 文件格式：GFF
- 字段映射介绍：记录基因组特征的位置与注释信息，包括基因、转录本等元件的坐标与属性
- CAZy预测数据文件（.csv）
- 文件名称：如2477_Pcopri.csv、western_4019_Pcopri.csv、BF1.csv等
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含基因ID（如fig|6666666.653309.peg.63）与对应的CAZy家族分类（如PL9、GH57）
- 分析代码文件（.Rmd）
- 文件名称：RNAseq_code.Rmd、Figure4_code.Rmd、Figure3_code.Rmd
- 文件格式：R Markdown
- 字段映射介绍：用于RNA-seq分析及图表生成的代码脚本
- 样本映射文件（.xlsx）
- 文件名称：RNA_sample_map.xlsx、file_map.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：记录样本与数据文件的对应关系及文件目录映射信息
数据来源
论文“Genome assemblies for Hadza Prevotella Require Diet-derived Microbiota Accessible Carbohydrates to Persist in mice”
适用场景
- 肠道微生物基因组学研究：分析Hadza Prevotella的基因组结构与功能特征
- 碳水化合物活性酶分析：探究肠道菌群中CAZy家族的分布与代谢潜力
- 饮食-菌群互作机制研究：结合基因组数据解析饮食来源碳水化合物对肠道菌群定植的影响
- 微生物组代谢通路注释：基于基因组注释与CAZy数据构建碳水化合物代谢相关通路
- 生物信息学方法复现：利用Rmd代码复现研究中的RNA-seq分析与可视化结果
