数据集概述
本数据集为裸鼹鼠（Heterocephalus glaber）种群遗传学研究数据，旨在验证其真社会性演化的近亲繁殖假说。研究通过分析阿西河与塔纳河南北两侧种群的分子变异模式，发现阿西河以南种群的低遗传变异源于奠基者事件而非近亲繁殖交配系统。数据集包含10个文件，涵盖基因型数据、分析参数、系统发育树及采样信息等内容。
文件详解
- 说明文档（README）
- 文件名称：README_for_Hglaber_genepop063015.txt、README_for_Ingram_etal_msatPartialMantel.txt、README_for_Ingram_etal_partialMantelDloop.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：分别对应基因型数据、微卫星部分 Mantel 分析、D-loop 部分 Mantel 分析的说明文档，解释数据来源、格式及分析背景。
- 采样信息文件
- 文件名称：Ingram_etal_collecting_info.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：包含裸鼹鼠种群采样的地理位置、样本编号等基础信息。
- 系统发育树文件
- 文件名称：Hglab_dloop_2015_hap3.best.tre
- 文件格式：TRE
- 字段映射介绍：基于D-loop序列构建的单倍型系统发育树结果文件。
- 分析结果文件
- 文件名称：Ingram_etal_partialMantelDloop.txt、Ingram_etal_msatPartialMantel.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：分别记录D-loop序列和微卫星标记的部分 Mantel 分析遗传距离数据。
- 基因型数据文件
- 文件名称：Hglaber_genepop063015.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：以Genepop格式存储的裸鼹鼠种群基因型数据，包含不同地理种群的遗传标记信息。
- 分析参数文件
- 文件名称：DIYABCparameter.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：DIYABC（近似贝叶斯计算）分析所用的参数设置文件。
- 序列数据文件
- 文件名称：Hglab_dloop_2015_hap.nex
- 文件格式：NEX
- 字段映射介绍：裸鼹鼠D-loop序列的单倍型数据文件，用于系统发育分析。
数据来源
论文“Challenging the inbreeding hypothesis in a eusocial mammal: population genetics of the naked mole-rat, Heterocephalus glaber”
适用场景
- 真社会性哺乳动物演化研究: 分析裸鼹鼠种群遗传结构，探讨近亲繁殖在真社会性演化中的作用。
- 种群遗传学分析: 利用基因型数据和分子变异模式，研究地理隔离对种群遗传分化的影响。
- 奠基者事件验证: 通过对比不同地理种群的遗传多样性，验证种群扩张过程中的奠基者效应。
- 分子系统发育研究: 基于线粒体D-loop序列构建系统发育树，分析种群的亲缘关系与演化历史。
- 生物统计学方法应用: 参考部分 Mantel 分析和 DIYABC 参数设置，开展种群遗传数据分析方法研究。
