数据集概述
本数据集为JSON格式对象,以Pseudomonas syringae登录号为主键,包含其毒力因子HMMER匹配结果,涵盖III型分泌系统基因、III型效应子亚家族及WHOP基因等,记录蛋白质登录号、e值和NCBI注释信息,共含一个文件。
文件详解
- 文件名称:HMMER_hits.json
- 文件格式:JSON
- 字段映射介绍:以Pseudomonas syringae登录号为顶层主键,每个主键下包含对应毒力因子的HMMER匹配信息,包括蛋白质登录号、e值(匹配显著性指标)及NCBI注释;涉及毒力因子类型含经典III型分泌系统基因、Pseudomonas syringae效应子纲要描述的III型效应子亚家族、ewoody宿主或假单胞菌(WHOP)基因。
适用场景
- 微生物毒力机制研究:分析Pseudomonas syringae毒力因子的分子特征与功能分类
- 生物信息学匹配验证:验证HMMER工具在微生物毒力因子识别中的准确性与覆盖度
- 病原菌致病机理分析:探究III型分泌系统、效应子亚家族等毒力因子对宿主的作用机制
- 微生物基因组注释补充:为Pseudomonas syringae基因组的毒力相关基因注释提供参考数据