数据集概述
本数据集围绕夜行性珊瑚礁鱼类Holocentridae科的视觉系统展开，包含其视网膜转录组组装、基因预测、系统发育树及补充图表等数据。研究发现该科鱼类具有类似深海鱼类的多银行视网膜，结合视杆细胞主导的结构与双色视觉潜力，为探究硬骨鱼类暗光视觉及多银行视网膜功能提供支持。
文件详解
- 转录组组装文件
- 文件名称：Myripristis_murdjan_F31_RetinalTranscriptome_Assembly.fasta.gz、Myripristis_violacea_F5_RetinalTranscriptome_Assembly.fasta.gz等5个.gz格式文件
- 文件格式：FASTA.GZ
- 字段映射介绍：包含不同Holocentridae物种（如Myripristis murdjan、Sargocentron spiniferum等）的视网膜转录组组装序列
- 基因预测文件
- 文件名称：Holo_predict_RH1.xlsx、Holo_predict_SWS2A.xlsx、Holo_predict_RH2.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：分别针对RH1、SWS2A、RH2基因的预测数据
- 系统发育树文件
- 文件名称：Phylogeny_Holocentrids_NoGenomes_Final.tre、MrBayes_Output_Holocentrid_Tree_NoGenomes_10MioGTRInvG.zip、Alignment_Holocentrid_Tree_NoGenomes_NEW.nex
- 文件格式：TRE、ZIP、NEX
- 字段映射介绍：包含Holocentridae科系统发育树的最终结果、MrBayes输出文件及序列比对文件
- 补充文档与说明
- 文件名称：README.txt、Additional_figures_and_tables.docx
- 文件格式：TXT、DOCX
- 字段映射介绍：README.txt含研究引用信息，Additional_figures_and_tables.docx为补充图表与表格
数据来源
论文“The visual ecology of Holocentridae, a nocturnal coral reef fish family with a deep-sea-like multibank retina”（Journal of Experimental Biology 2020）
适用场景
- 鱼类视觉生态学研究：分析Holocentridae科的视网膜结构与视觉功能适应性
- 暗光视觉机制探究：利用多银行视网膜数据研究硬骨鱼类的低光环境视觉策略
- 基因功能分析：通过RH1、SWS2A等基因预测数据，研究视蛋白基因在视觉适应中的作用
- 系统发育关系构建：基于转录组与系统发育树数据，分析Holocentridae科物种的进化关系
- 生态适应性研究：结合视觉系统特征，探讨珊瑚礁夜行性鱼类的生存策略与生态位分化
