数据集概述
本数据集围绕宿主行为对寄生虫遗传学的影响展开，包含共生啮齿动物（囊地鼠）及其寄生咀嚼虱（Thomomydoecus minor）的种群遗传学研究数据，涉及微卫星和线粒体DNA序列分析，用于探究宿主-寄生虫协同进化机制。
文件详解
- 基因组数据文件
- 文件名称：Gopher Bfib multiple alleles.fasta、Thomomydoecus 275 specimens COI data.fasta、Gopher IRBP alleles.fasta、Gopher Rag all alleles.fasta、Gopher CO1.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含囊地鼠和咀嚼虱的基因序列数据，如COI（细胞色素氧化酶I）、IRBP（间视黄醇结合蛋白）等基因的等位基因序列
- 系统发育树文件
- 文件名称：Gopher IRBP NJ tree.newick、Thomomydoecus 275 specimens COI tree.newick、Gopher CO1 NJ tree.newick、Gopher Bfib NJ tree.newick
- 文件格式：NEWICK
- 字段映射介绍：记录基于不同基因序列构建的邻接（NJ）系统发育树结构，反映物种进化关系
- 种群遗传学分析输入文件
- 文件名称：ThomomydoecusmtDNA input for Arlequin.275.arp、Thomomydoecus7Loci15pops input for Arlequin.arp、Thomomydoecus minor 7 loci input for FSTAT.dat、13BigPops7lociBayesAss.in.txt
- 文件格式：ARP、DAT、TXT
- 字段映射介绍：用于Arlequin、FSTAT、BayesAss等种群遗传学软件的输入数据，包含基因型数据、种群划分信息等
- 结构分析输入文件
- 文件名称：Thomomydoecus minor 7 loci Southern pops only input for Structure.str、Thomomydoecus minor 7 loci Northern pops only input for Structure.str、Thomomydoecus minor 7 loci 15 infrapopulations input for Structure.str
- 文件格式：STR
- 字段映射介绍：用于Structure软件的种群结构分析输入数据，按地理区域（南部、北部种群）和种群单位划分
- 基因型数据处理文件
- 文件名称：Thomomydoecus minor 7 loci msat Genotypes Ready For Convert.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含咀嚼虱7个微卫星位点的基因型数据，用于后续转换和分析
数据来源
论文“Host behavior drives parasite genetics at multiple geographic scales: population genetics of the chewing louse, Thomomydoecus minor”
适用场景
- 宿主-寄生虫协同进化研究：分析囊地鼠与咀嚼虱的种群遗传结构及协同分化模式
- 种群遗传学分析：利用微卫星和线粒体DNA数据探究种群分化、基因流及遗传多样性
- 生物信息学方法应用：验证Arlequin、Structure、FSTAT等软件在寄生虫种群研究中的适用性
- 行为生态学研究：探讨宿主行为对寄生虫传播和遗传结构的影响机制
- 进化生物学教学：作为种群遗传学和协同进化理论的实践案例数据
