数据集概述
该数据集围绕鲎类（Xiphosura）的系统发育定位展开，基于螯肢亚门（Chelicerata）系统发育误差来源的批判性评估研究。包含系统发育分析数据、模拟测试脚本及补充材料，支持探究鲎类是否嵌套于蛛形纲（Arachnida）及其与系统发育误差因素的关联。
文件详解
该数据集包含15个文件，按类型分类说明如下：
- 系统发育分析数据文件：
- Concat_721_MARE.fasta、Concat_3534_indep.fasta：FASTA格式的序列拼接文件，用于系统发育分析
- MAREpart.nex、part_1499.nex、Partition_3534.txt.best_scheme.nex：NEXUS格式的分区文件，定义序列数据的进化模型分区
- Lithobius_atkinsoni_SAMN10093766.fasta、Pycnogonium_littorale_SAMN10093767.fasta：FASTA格式的物种序列文件，包含特定物种的基因序列
- datbacoca_pca.csv：CSV格式数据文件，含系统发育分析相关指标，字段包括File、is Desicive、winner_LG、DGLS_LG、N taxa (informative)、AlnLen、MPSI及氨基酸频率（p(A)、p(V)等）
- matrices.xlsx：Excel格式文件，可能包含系统发育矩阵数据
- 脚本文件（.py格式）：
- splitDist.py、simulations.py、mpsi.py、droptips.py：Python脚本，用于系统发育分析中的数据处理、模拟测试等任务
- 压缩文件：
- NEWICKS 2.zip：ZIP格式压缩文件，可能包含系统发育树（Newick格式）相关数据
- 补充材料：
- Supplemental_Tables_and_Figures.pdf：PDF格式文档，包含研究的补充表格和图表
适用场景
- 螯肢亚门系统发育研究：验证鲎类在蛛形纲中的嵌套位置，重新评估传统进化范式
- 系统发育误差分析：探究不完全谱系分选、组成偏差、饱和等因素对系统发育推断的影响
- 进化生物学模拟：利用模拟脚本研究谱系分选水平对物种定位的影响
- 分子系统学方法评估：测试不同数据分区、进化模型对系统发育结果的影响
