数据集概述
本数据集围绕华莱士南部森林石龙子（Sphenomorphus属）的系统基因组学研究展开，包含1154个核基因、完整线粒体基因组及种群结构分析数据，揭示其在小巽他群岛的殖民模式与物种分化历史，为生物多样性保护提供基因组学依据。
文件详解
- 核心分析文件：
- Sphenomorphus_concatenated_exome_alignment.phylip：连接外显子比对文件（phylip格式），用于系统发育分析
- Sphenomorphus_mitochondrial_genomes.fas：线粒体基因组序列（fas格式）
- Sphenomorphus_mitochondrial_ND4.fas：线粒体ND4基因序列（fas格式）
- Sphenomorphus_ASTRAL-III_input.tre：ASTRAL-III分析输入树文件（tre格式）
- Sphenomorphus-BioGeoBEARS_tree.txt：生物地理分析树文件（txt格式）
- 种群与基因流分析文件：
- Sphenomorphus_Adegenet_(PCA)_171751snps.txt：PCA分析结果（txt格式，含171751个SNP位点）
- Sphenomorphus_G-PhoCS_input.aln：G-PhoCS分析输入比对文件（aln格式）
- Sphenomorphus_BPP4_control_file_A00.ctl：BPP4分析控制文件（ctl格式）
- 辅助说明文件：
- Sphenomorphus_Supporting_Information.pdf：补充信息文档（pdf格式）
- README.txt：数据集说明文档（txt格式）
- Sphenomorphus_index_numbers__G-PhoCS_sample_key.txt：样本索引对照表（txt格式）
适用场景
- 生物地理学研究：分析华莱士地区物种殖民模式与地理隔离机制
- 系统基因组学分析：探究石龙子属物种分化时间与种群结构
- 保护生物学应用：识别未描述物种，为华莱士生物多样性热点保护提供依据
- 进化生物学研究：验证非阶梯式岛屿殖民假说与基因流动态
- 基因组学方法开发：测试目标序列捕获技术在爬行动物研究中的应用效果
