数据集概述
该数据集基于系统基因组学研究，分析花象鼻虫（Curculioninae亚科）的系统发育关系，揭示了真象鼻虫中繁殖地传粉共生关系的十次独立起源，为理解象鼻虫与植物的协同进化提供核心数据支持。
文件详解
- 核心图表文件（PDF格式）：
- Figure 1 - Part I.pdf：基于214个核蛋白编码基因的最大似然树（聚焦CEGH分支及外类群），标注节点支持值与Curculioninae亚科分类
- Figure 1 - Part II.pdf：最大似然树（聚焦CCCMS分支），标注繁殖地传粉共生类群及对应象鼻虫物种
- Figure 2.pdf：CCCMS分支幼虫组织特化的ASE分析结果，含ER模型与连续时间可逆马尔可夫模型模拟数据
- Figure S1.pdf - Figure S4.pdf：补充图表，含完整ML树、支持值、幼虫组织特化及繁殖地传粉共生的ASE分析结果
- 分析脚本与原始数据文件：
- AHE_pipeline.txt：从原始测序数据生成系统发育树的详细步骤脚本
- Cole_tcas_probes.fasta：使用的鞘翅目探针序列文件
- 压缩包文件：
- ASE analyses.zip：ASE分析的脚本及原始结果
- IQ-TREE files.zip：IQ-TREE分析的输入与输出文件
- Scripts.zip：AHE_pipeline.txt关联的脚本文件
- IBA results.zip：IBA分析结果文件
适用场景
- 昆虫系统发育研究：解析花象鼻虫及真象鼻虫的分类与进化关系
- 传粉共生进化分析：探究繁殖地传粉共生关系的独立起源机制
- 分子生态学研究：分析象鼻虫幼虫组织特化与植物互作的适应性进化
- 基因组学方法应用：验证系统基因组学技术在昆虫进化研究中的有效性
