数据集概述
本数据集为红翅黑鹂多种群遗传多样性与婚外父权(EPP)关系研究的配套数据,包含8个种群(含1个岛屿种群)的遗传多样性数据、EPP统计数据、分析代码及序列文件,用于验证遗传多样性是否能解释EPP的种群间变异,结果显示遗传多样性并非EPP率的独立预测因素。
文件详解
- 数据文件
IAL_RWBL_EPP_allpops.csv(CSV格式):包含红翅黑鹂各种群的婚外子代(EPY)、种群(Pop)、巢婚外子代(NestEPY)、巢种群(NestPop)等EPP相关统计字段
IAL_RWBL_genotypes.csv(CSV格式):记录鸟类个体ID(birdid)、采样点(Site)及10个微卫星位点(如Aph54、FhU2等)的基因型数据
IAL_RWBL_BahMIPA_nest_genotypes.xlsx(XLSX格式):巴哈马种群巢基因型数据,包含巢内个体的遗传信息
IAL_RWBL_ND2_sequences.nex(NEX格式):红翅黑鹂ND2基因序列数据
IAL_RWBL_Structure_mainparams.txt(TXT格式):STRUCTURE软件分析的主参数文件,包含输入输出文件路径等配置信息
- 代码文件
IAL_random_effects_model.R(R格式):随机效应模型分析代码,用于评估遗传多样性与EPP的关系
IAL_gen_diversity_bootstrap.R(R格式):遗传多样性bootstrap分析代码,计算种群遗传多样性指标
IAL_popsim.R(R格式):种群模拟分析代码,辅助验证遗传多样性与EPP的关联
数据来源
论文“Genetic diversity does not explain variation in extra-pair paternity in multiple populations of a songbird”
适用场景
- 鸟类行为生态学研究:分析红翅黑鹂婚外父权的种群间变异规律及影响因素
- 种群遗传学分析:利用微卫星和线粒体序列数据研究红翅黑鹂种群遗传多样性与结构
- 分子生态学模型验证:测试遗传多样性对繁殖策略(如EPP)的预测能力
- 统计方法应用:通过R代码复现随机效应模型、bootstrap等分析过程,验证研究结论
- 岛屿与大陆种群比较研究:对比岛屿种群与大陆种群的遗传特征及繁殖行为差异