数据集概述
本数据集围绕美国白茅（Imperata cylindrica）的起源、入侵历史及遗传多样性展开，通过基因分型测序（GBS）技术，利用高粱参考基因组识别出2320个多态性位点，分析其繁殖系统、遗传多样性及地理起源，发现美国白茅存在4个克隆谱系，入侵成功未依赖遗传多样性或杂交适应。
文件详解
- 数据文件
- 文件名称：supporting_information_collector_data.xlsx、Cogongrass_449G__2320M_US_072514.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含白茅基因分型相关数据，如2320个多态性位点的遗传信息、样本支撑信息等
- 文本文件
- 文件名称：remove_offsite_SNPs.txt、add_genotype-linenumber_file.txt、remove_header.txt、merge_CLCv6_SNP_files_with_SAM_files.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：涵盖SNP筛选规则（如限制酶距离筛选）、基因型行号添加规则、文件头移除规则、SNP与SAM文件合并规则等文本说明
- 代码文件
- 文件名称：extract_SNPs_from_CLC_file.py、merge_sort_enzymes_files.pl
- 文件格式：PY、PL
- 字段映射介绍：分别为从CLC文件提取SNP的Python脚本、排序合并酶相关文件的Perl脚本
- 其他文件
- 文件名称：extract_unique_SNPs
- 文件格式：无扩展名
- 字段映射介绍：用于提取独特SNP的相关文件
数据来源
论文“Exploring origins, invasion history and genetic diversity of Imperata cylindrica (L.) P. Beauv. (Cogongrass) in the United States using genotyping by sequencing”
适用场景
- 入侵植物遗传多样性研究: 分析美国白茅克隆谱系特征、遗传多样性水平及入侵适应机制
- 植物入侵历史追溯: 探究美国白茅的地理起源及入侵路径
- 基因分型测序技术应用: 验证GBS技术结合参考基因组在杂草遗传研究中的有效性
- 入侵物种防控策略制定: 基于克隆繁殖特性及遗传基础，为白茅入侵防控提供科学依据
