数据集概述
本数据集围绕巴拿马地峡形成后加勒比海Pederson清洁虾（Ancylomenes pedersoni）物种复合体的进化历史展开，包含基因序列、拓扑测试结果、种群统计模型模拟数据及模型选择结果，用于揭示物种形成路径，验证异域分化、二次接触及杂交物种形成等过程。
文件详解
- 基因序列文件
- 文件名称：
AP_COI_all_wOutgroups.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含Pederson清洁虾及外类群的线粒体COI基因序列数据
- 拓扑测试与系统发育文件
- 文件名称：
AP_SVDquartets_Dataset2.nexus、AP_SNAPP_spTree_Dataset2.xml
- 文件格式：NEXUS、XML
- 字段映射介绍：分别为基于ddRADseq数据的SVDquartets系统发育分析文件、物种树构建的SNAPP分析输入文件
- 种群统计模型数据
- 文件名称：
Rep1_MSFS.obs至Rep10_MSFS.obs（示例含Rep1/3/4/5/6/9）
- 文件格式：OBS
- 字段映射介绍：多位点频率谱（MSFS）观测数据，共10个重复样本，用于种群历史模拟
- 模型选择结果文件
- 文件名称：
AP_AIC_model_selection_results.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含22500次模型模拟的AIC模型选择结果，记录不同进化模型的拟合优度
- 说明文档
- 文件名称：
README.md
- 文件格式：MD
- 字段映射介绍：数据集说明文档，包含研究背景、数据文件清单及分析方法概述
数据来源
论文“Topology testing and demographic modeling illuminate a novel speciation pathway in the Greater Caribbean Sea following the formation of the Isthmus of Panama”
适用场景
- 海洋生物进化研究：分析巴拿马地峡形成对加勒比海物种分化的影响
- 种群基因组学分析：利用ddRADseq和线粒体数据研究物种复合体的遗传结构
- 物种形成模型验证：通过拓扑测试与种群统计模型模拟，验证异域分化、杂交物种形成等路径
- 生物地理学研究：探讨地质事件（如巴拿马地峡闭合）对海洋生物分布格局的塑造作用
- 系统发育方法比较：对比传统系统发育分析与网状进化模型在物种历史重建中的差异
