数据集概述
本数据集围绕植物界DNA条形码研究，包含为核核糖体DNA内部转录间隔区（ITS）设计的新型PCR引物相关数据。通过分析GenBank中植物和真菌的18S、5.8S、26S序列，设计了具有更高通用性和特异性的通用引物及植物特异性引物，并通过335个样本验证其性能，可用于植物分子系统学和DNA条形码研究。
文件详解
- README_for_Programs-ITS-primers-Tao Cheng-2014.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含程序功能说明，涉及Classifier_Fungi.pl（真菌序列分类）、Classifier_Viridiplantae.pl（植物序列分类）、N_Degenerate_Filter_New.pl（去除含n或简并字符的序列）、contaminantsFilter.pl（基于mega-blast去除污染序列）、GenBanktoFastawithClassName.pl（GenBank文件转fasta格式）等工具的功能描述。
- Alignments of 18S,5.8S and 26S rDNA sequences of plants and fungal.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包内包含植物和真菌的18S、5.8S、26S核糖体DNA序列比对数据。
- Programs-ITS-primers-Tao Cheng-2014.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包内包含用于引物设计与验证的相关程序脚本。
数据来源
论文“Barcoding the kingdom Plantae: new PCR primers for ITS regions of plants with improved universality and specificity”
适用场景
- 植物DNA条形码研究: 利用新型PCR引物进行植物ITS区域的扩增与测序，提升DNA条形码分析效率。
- 植物分子系统学分析: 通过高特异性引物获取ITS序列，支持植物系统发育关系研究。
- 生物信息学序列处理: 使用配套程序脚本进行序列分类、过滤、格式转换等预处理工作。
- 引物设计方法验证: 参考引物设计流程与验证数据，优化其他分子标记的引物开发。
