加勒比礁鲨线粒体基因组数据集

数据集概述

该数据集提供加勒比礁鲨(Carcharhinus perezi)的完整线粒体基因组序列及相关分析文件,包含基因序列、注释信息、测序比对结果和可视化图表,为该物种的遗传监测与保护研究提供基础数据。

文件详解

  • 序列与比对文件:
  • cperezi.fasta:FASTA格式,加勒比礁鲨线粒体基因组原始序列
  • cperezi.fasta.fai:FASTA索引文件,辅助快速访问基因组序列
  • aln-pe_cperezi.mapped_sort.bam:BAM格式,测序 reads 比对到参考基因组的结果文件
  • aln-pe_cperezi.mapped_sort.bam.bai:BAM索引文件,用于快速检索比对数据
  • 基因与注释文件:
  • cperezi_gene_sequences.fa:FASTA格式,线粒体基因组中的基因序列(包含蛋白编码基因、rRNA、tRNA等)
  • cperezi_annotation.txt:TXT格式,线粒体基因组注释信息,包含基因位置、功能区域等字段(如CDS区域、tRNA位置)
  • 可视化文件:
  • cperezi_mtAnno_(1).png:PNG格式,线粒体基因组注释可视化图表
  • Coverage_igv_panel.png:PNG格式,基因组测序覆盖度可视化图表

适用场景

  • 鲨鱼种群遗传学研究:分析加勒比礁鲨的遗传多样性与种群结构
  • 物种保护监测:为海洋保护区等保护措施提供遗传基线数据
  • 线粒体基因组进化分析:探究鲨鱼线粒体基因的进化规律
  • 分子生态学应用:支持该物种的物种鉴定与亲缘关系研究
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数据与资源

附加信息

字段
作者 Maxj
版本 1
数据集大小 1.14 MiB
最后更新 2025年12月11日
创建于 2025年12月11日
声明 当前数据集部分源数据来源于公开互联网,如果有侵权,请24小时联系删除(400-600-6816)。