数据集概述
本数据集为支持肽键形成与水解乒乓机制研究的计算数据存档,聚焦氨基酸寡聚化化学空间的“ Goldilocks区”,通过六步反应机制复现实验已知能垒,包含多理论水平评估、溶剂化效应建模及热化学参数计算结果,共14个文件,覆盖4个反应场景的计算数据。
文件详解
- 压缩包文件(Archive files)
- 文件名称:Scenario1.zip、Scenario2.zip、Scenario3.zip、Scenario4.zip、all_files.zip
- 文件格式:ZIP
- 内容说明:包含各反应场景(Scenario1-Scenario4)的计算日志文件,如Scenario3.zip含Scenario3_log目录下SMD溶剂化模型、中间体(Intermediates)及MN15def2TZVPP理论水平的计算文件
- 文本文件(Document files)
- 文件名称:Scenario1.txt、Scenario2.txt、Scenario3.txt、Scenario4.txt、content.txt
- 文件格式:TXT
- 内容说明:记录压缩包内文件的存储结构及关键计算信息,如Scenario3.txt含压缩目录层级及存储占比记录
- 表格文件(Data files)
- 文件名称:Scenario1.xlsx、Scenario2.xlsx、Scenario3.xlsx、Scenario4.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 内容说明:存储各反应场景的结构化计算数据,可能包含理论水平参数、溶剂化效应结果、热化学参数等量化指标
数据来源
RSC Organic and Biomolecular Chemistry 2023年7月26日刊对应研究论文
适用场景
- 肽键反应机制研究:验证乒乓机制在肽键形成与水解过程中的可行性,复现实验能垒
- 化学空间“Goldilocks区”分析:探索氨基酸寡聚化相关的适宜化学环境特征
- 计算化学方法评估:对比不同理论水平、溶剂化模型对反应计算结果的影响
- 生命起源预生物大分子研究:为早期地球环境下蛋白质代谢起源的相关实验提供可测试的计算依据