数据集概述
本数据集围绕鸡形目（Galliformes）的分歧时间估算展开，基于超保守元件（UCEs）的最佳基因筛选方案，包含130个现存鸡形目类群的序列比对文件和系统发育树文件，为研究鸡形目演化历史、物种分化时间提供数据支持。
文件详解
该数据集包含序列比对文件、系统发育树文件及辅助文本文件，具体说明如下：
- 序列比对文件（位于不同分类目录下）：
- 文件格式：.nexus、.phylip、.charsets
- 命名示例：mafft-nexus-edge-trimmed-clean-100p.phylip、95%-PF-treelike-subset38.phylip、mafft-nexus-edge-trimmed-clean-75p.charsets
- 内容说明：不同基因筛选方案（如100%、75%、95%-PF-treelike等）下的序列比对数据，部分文件包含字符集划分信息
- 系统发育树文件（位于树木分类目录下）：
- 文件格式：.tre
- 命名示例：95%-PF-treelike.tre、RAxML_75%.tre、SVDquartets_75%.tre
- 内容说明：不同类群（135-taxon、48-taxon）及不同基因筛选方案下构建的系统发育树
- 辅助文本文件：
- 文件格式：.txt
- 命名示例：best_scheme.txt
- 内容说明：记录基因筛选方案的设置参数，如比对文件路径、模型选择（GTR+G）、搜索方法等
- 其他文件：
- all-taxa-incomplete.fasta：FASTA格式的序列文件，包含所有类群的不完整序列
适用场景
- 演化生物学研究：分析鸡形目物种的分歧时间、演化速率及系统发育关系
- 生物地理学研究：结合分歧时间数据探讨鸡形目物种的地理分布格局形成机制
- 分子系统学方法验证：比较不同基因筛选方案（如treelike、clocklike）对分歧时间估算结果的影响
- 基因组学分析：基于超保守元件序列数据研究鸡形目基因组演化特征
