数据集概述
本数据集记录了美洲牡蛎（Crassostrea virginica）暴露于不同pCO₂水平海洋酸化实验中的表型与分子响应数据，包含80天实验周期内的外套膜组织转录组、甲基化组及外套膜液pH、钙化率等生理指标，共66个文件，用于研究海洋酸化对贝类分子调控与钙化功能的影响。
文件详解
- 元数据文件
- 文件名称：AE17_RNAmetaData.xlsx/csv、AE17_metadata_ExperimentalExposureSamples_Simple.xlsx/csv等
- 文件格式：XLSX、CSV
- 字段映射介绍：包含实验样本的分组信息、暴露处理（对照/中度/高度酸化）、采样时间点等实验设计元数据
- 生理指标数据
- 文件名称：AE17_EPFpHData_revised.csv、AE17_CalcificationInfo_ExperimentalExposureSamples_Simple.csv等
- 文件格式：CSV、XLSX
- 字段映射介绍：记录外套膜液pH值、钙化率、海水化学参数（温度、盐度、pCO₂）等表型数据
- 分子数据文件
- 文件名称：RSEM_gene_TPM.csv、countMatrix_cov5Filtered_medianNormalized_totalCounts.csv、methylKitObj_cov5Filtered_medianNormalized_united_TP9.RData等
- 文件格式：CSV、RData
- 字段映射介绍：包含基因表达TPM值矩阵、过滤归一化的表达计数矩阵、甲基化位点分析对象等分子数据
- 分析脚本文件
- 文件名称：04A_RSEM_createRefFromStar.sh、AE17_fig4_geneExpression.R等
- 文件格式：SH、R
- 字段映射介绍：包含转录组比对、WGCNA网络构建、图形绘制等数据分析流程脚本
数据来源
论文“Ocean acidification induces subtle shifts in gene expression and DNA methylation in mantle tissue of the Eastern oyster (Crassostrea virginica)”
适用场景
- 海洋酸化分子响应研究：分析不同酸化水平下美洲牡蛎外套膜基因表达与DNA甲基化的时间动态变化
- 贝类钙化生理机制研究：关联外套膜液pH、钙化率与分子调控网络的关系
- 表观遗传学功能分析：探究DNA甲基化在海洋酸化胁迫响应中的调控作用
- 海洋生物适应性评估：评估贝类对海洋酸化的分子可塑性及生理响应限度
- 生物矿化基因筛选：基于目标矿化基因列表分析关键功能基因的表达模式
